Search TFs
or Genes
Construction
and Validation
Optimal
Promoter Size
Download Citation and
Contact

SPDEF target genes for motif:
V_PDEF_01_M02040

The V_PDEF_01_M02040 motif was discovered for SPDEF and was found in the TRANSFAC repository.

SPDEF motif sequence logo


SPDEF motif positions


 

SPDEF target gene list


Download all SPDEF TF binding sites
GeneEntrez# of SitesStrandChromosomePromoter LocationTSS
RBMXL1 494115 1 chr1 - 89458143-89463643 89458643
TMEM95 339168 1 chr17 + 7253496-7258996 7258496
THAP8 199745 1 chr19 - 36545164-36550664 36545664
GPR25 2848 1 chr1 + 200837082-200842582 200842082
CYP4F12 66002 1 chr19 + 15778827-15784327 15783827
ZNF567 163081 1 chr19 + 37175301-37180801 37180301
UBE2I 7329 1 chr16 + 1354153-1360127 1359627
DIEXF 27042 1 chr1 + 209996311-210001811 210001311
TMF1 7110 1 chr3 - 69100984-69106484 69101484
FOXK1 221937 1 chr7 + 4716929-4722429 4721929
ZNF653 115950 1 chr19 - 11616238-11621738 11616738
FBXO45 200933 1 chr3 + 196290724-196296224 196295724
INO80B 83444 1 chr2 + 74677149-74682649 74682149
C19orf12 83636 1 chr19 - 30205463-30211696 30205963
EFNB2 1948 1 chr13 - 107186888-107192388 107187388
P4HA1 5033 1 chr10 - 74856232-74861732 74856732
ZNF655 79027 3 chr7 + 99151044-99156947 99156447
TMEM233 387890 1 chr12 + 120026263-120031763 120031263
FAM49B 51571 1 chr8 - 130951618-130957118 130952118
KIF2A 3796 1 chr5 + 61596988-61602488 61601988
MT1X 4501 1 chr16 + 56711381-56716881 56716381
EMILIN1 11117 1 chr2 + 27296434-27301934 27301434
PTX4 390667 1 chr16 - 1537968-1543468 1538468
EXOC1 55763 1 chr4 + 56714815-56720315 56719815
NPM1 4869 1 chr5 + 170809707-170815207 170814707
RANGAP1 5905 1 chr22 - 41681716-41687216 41682216
CPNE1 8904 1 chr20 - 34252378-34257878 34252878
ASB2 51676 1 chr14 - 94442576-94448076 94443076
RANBP3 8498 1 chr19 - 5977820-5983320 5978320
RETN 56729 1 chr19 + 7728971-7734471 7733971
WIBG 84305 1 chr12 - 56320409-56326697 56320909
~ 284618 1 chr1 - 155293438-155298938 155293938
CDC6 990 1 chr17 + 38439145-38444645 38444145
ZBTB25 7597 1 chr14 - 64970054-64975554 64970554
PIGP 51227 1 chr21 - 38444603-38450458 38445103
BCAN 63827 1 chr1 + 156606739-156612239 156611739
EPS8L3 79574 1 chr1 - 110306144-110311644 110306644
SYNRG 11276 1 chr17 - 35968986-35974486 35969486
RNF10 9921 1 chr12 + 120967131-120972631 120972131
RFX3 5991 2 chr9 - 3525483-3530983 3525983
TNF 7124 1 chr6 + 31538343-31543843 31543343
CCDC22 28952 1 chrX + 49086926-49092426 49091926
CMAS 55907 1 chr12 + 22194109-22199609 22199109
KLC2 64837 2 chr11 + 66019764-66025673 66025173
DFNB59 494513 1 chr2 + 179311162-179316662 179316162
GABPB1 2553 1 chr15 - 50647105-50652605 50647605
SGOL1 151648 1 chr3 - 20227198-20232724 20227698
ZNF414 84330 1 chr19 - 8578548-8584048 8579048
C16orf93 90835 1 chr16 - 30773065-30778565 30773565
ZNF446 55663 1 chr19 + 58982794-58988294 58987794
PTRH1 138428 1 chr9 - 130477436-130482936 130477936
GYPC 2995 1 chr2 + 127408510-127414010 127413510
ACP1 52 1 chr2 + 259868-265368 264868
EPN1 29924 1 chr19 + 56181560-56188490 56187990
FLNA 2316 1 chrX - 153602506-153608006 153603006
RAVER2 55225 1 chr1 + 65205777-65211277 65210777
C12orf61 283416 1 chr12 - 62996714-63002214 62997214
VSTM2L 128434 1 chr20 + 36526498-36531998 36531498
RTN1 6252 1 chr14 - 60337057-60342557 60337557
EIF4ENIF1 56478 1 chr22 - 31885047-31890874 31885547
NOP58 51602 1 chr2 + 203125514-203131014 203130514
EMB 133418 1 chr5 - 49736734-49742234 49737234
SEPT11 55752 1 chr4 + 77865894-77871394 77870894
GNL1 2794 2 chr6 - 30524871-30530371 30525371
~ 57604 1 chr8 + 12798182-12803682 12803182
GNAS 2778 1 chr20 + 57423035-57428535 57428035
CACNA1C 775 1 chr12 + 2157415-2162915 2162415
MTOR 2475 1 chr1 - 11322108-11327608 11322608
HNRNPA3 220988 1 chr2 + 178072421-178077921 178077421
C20orf194 25943 1 chr20 - 3387809-3393309 3388309
BCL2A1 597 1 chr15 - 80263143-80268643 80263643
MRPL53 116540 1 chr2 - 74699442-74704942 74699942
ESCO1 114799 1 chr18 - 19180193-19185693 19180693
SIAE 54414 1 chr11 - 124543277-124551199 124543777
FAM59A 64762 1 chr18 - 30049947-30055447 30050447
LSM14B 149986 1 chr20 + 60692516-60698016 60697516
PRMT1 3276 1 chr19 + 50175408-50180908 50180408
NKX2-5 1482 1 chr5 - 172661815-172667315 172662315
RBM12 10137 1 chr20 - 34252378-34257878 34252878
TBCC 6903 1 chr6 - 42713384-42718884 42713884
ZBED6 100381270 1 chr1 + 203761650-203767150 203766650
CD93 22918 1 chr20 - 23066477-23071977 23066977
RHOH 399 1 chr4 + 40193526-40199026 40198526
SOLH 6650 1 chr16 + 572855-578355 577855
ZFP91 80829 1 chr11 + 58341586-58347086 58346586
ARL4A 10124 1 chr7 + 12721451-12727410 12726910
TMEM150A 129303 1 chr2 - 85829322-85834822 85829822
PVRL1 5818 1 chr11 - 119598935-119604435 119599435
HMGXB3 22993 1 chr5 + 149375168-149380668 149380168
POP5 51367 1 chr12 - 121018697-121024201 121019197
CD2BP2 10421 1 chr16 - 30365755-30371682 30366255
EIF3A 8661 1 chr10 - 120839834-120845334 120840334
MSANTD2 79684 1 chr11 - 124669799-124675299 124670299
LTA 4049 1 chr6 + 31534875-31540570 31540070
FAF2 23197 1 chr5 + 175870355-175875855 175875355
SLC2A4 6517 1 chr17 + 7180053-7185553 7185053
ENO3 2027 1 chr17 + 4849383-4854883 4854383
PRR25 388199 1 chr16 + 850442-855942 855442
THOC2 57187 1 chrX - 122866404-122871904 122866904
TRAPPC12 51112 1 chr2 + 3378445-3383945 3383445
CACNA1F 778 1 chrX - 49089271-49094833 49089771
BAMBI 25805 1 chr10 + 28961423-28966923 28966423
KIAA2013 90231 1 chr1 - 11985985-11991485 11986485
PAX1 5075 1 chr20 + 21681296-21686796 21686296
TLR1 7096 1 chr4 - 38805912-38811412 38806412
SMURF2 64750 1 chr17 - 62657886-62663386 62658386
GLCCI1 113263 1 chr7 + 8003373-8008873 8008373
DOCK6 57572 1 chr19 - 11372668-11378168 11373168
BZRAP1 9256 1 chr17 - 56405652-56411152 56406152
RPS6KA5 9252 1 chr14 - 91526493-91531993 91526993
ZNF512 84450 1 chr2 + 27800835-27806335 27805835
SLC39A8 64116 1 chr4 - 103265848-103271655 103266348
PSORS1C1 170679 1 chr6 + 31077607-31083107 31082607
EPHX2 2053 1 chr8 + 27343518-27349184 27348684
MIB1 57534 1 chr18 + 19316544-19322044 19321544
C14orf126 112487 1 chr14 - 31926180-31931680 31926680
SH3GLB2 56904 1 chr9 - 131790079-131795579 131790579
MPV17 4358 1 chr2 - 27545469-27550969 27545969
TAGAP 117289 1 chr6 - 159465684-159471184 159466184
SLC37A1 54020 1 chr21 + 43914741-43920241 43919741
C9orf117 286207 1 chr9 + 130464270-130469770 130469270
FANCI 55215 1 chr15 + 89782193-89787693 89787193
EIF4A1 1973 1 chr17 + 7471023-7476523 7476023
SFRP4 6424 1 chr7 - 37956025-37961525 37956525
REPS1 85021 1 chr6 - 139308898-139314398 139309398
SRSF1 6426 1 chr17 - 56084207-56089707 56084707
GNG11 2791 1 chr7 + 93546015-93551515 93551015
SH3YL1 26751 1 chr2 - 263568-269068 264068
TMEM60 85025 1 chr7 - 77427247-77432747 77427747
NEK5 341676 1 chr13 - 52702714-52708214 52703214
WDR62 284403 1 chr19 + 36540782-36546282 36545782
EIF2B5 8893 1 chr3 + 183847809-183853309 183852809
STOML2 30968 1 chr9 - 35102654-35108154 35103154
PRKAG1 5571 1 chr12 - 49412031-49417629 49412531
SLAMF1 6504 1 chr1 - 160616581-160622081 160617081
PXN 5829 1 chr12 - 120703074-120708574 120703574
PIAS4 51588 1 chr19 + 4002748-4008248 4007748
CYB561 1534 1 chr17 - 61517707-61528722 61518207
~ 85441 1 chr20 - 62205092-62210592 62205592
TIGD4 201798 1 chr4 - 153700416-153705916 153700916
CDK17 5128 2 chr12 - 96793866-96799366 96794366
DLST 1743 1 chr14 + 75343593-75349093 75348593
ALG8 79053 1 chr11 - 77850199-77855699 77850699
SAP130 79595 1 chr2 - 128784369-128789869 128784869
TTC7A 57217 1 chr2 + 47163312-47168812 47168312
BAK1 578 1 chr6 - 33547570-33553070 33548070
OST4 100128731 1 chr2 - 27294067-27299567 27294567
NLRX1 79671 1 chr11 + 119034439-119039939 119039439
NDST2 8509 1 chr10 - 75571089-75576589 75571589
PSPC1 55269 1 chr13 - 20356659-20362159 20357159
WBP1 23559 1 chr2 + 74680526-74686026 74685526
NOG 9241 1 chr17 + 54666059-54671559 54671059
KLF11 8462 1 chr2 + 10178681-10184871 10184371
TRRAP 8295 1 chr7 + 98471112-98476612 98476112
TTC16 158248 1 chr9 + 130473357-130478857 130478357
TFAM 7019 1 chr10 + 60139902-60145402 60144902
ZC3H11A 9877 1 chr1 + 203759750-203765250 203764750
SPA17 53340 1 chr11 + 124538739-124544239 124543739
TCL1A 8115 1 chr14 - 96180033-96185533 96180533
GPX7 2882 1 chr1 + 53063042-53068542 53068042
DZIP1L 199221 1 chr3 - 137831822-137839451 137832322
TRA2B 6434 1 chr3 - 185655424-185660924 185655924
DCTD 1635 1 chr4 - 183838130-183843630 183838630
CD72 971 1 chr9 - 35617924-35623424 35618424
SLC27A4 10999 1 chr9 + 131097838-131103338 131102838
TNPO2 30000 1 chr19 - 12832605-12839810 12833105
TTC3 7267 1 chr21 + 38440570-38446070 38445570
TSSC1 7260 1 chr2 - 3381153-3386653 3381653
MCFD2 90411 1 chr2 - 47168494-47173994 47168994
SERBP1 26135 1 chr1 - 67895623-67901123 67896123
ANAPC15 25906 1 chr11 - 71823322-71828822 71823822
RASA3 22821 1 chr13 - 114897595-114903095 114898095
GRK5 2869 1 chr10 + 120962196-120967696 120967196
AFF4 27125 1 chr5 - 132298854-132304354 132299354
GGN 199720 1 chr19 - 38878168-38883668 38878668
RGL2 5863 1 chr6 - 33266665-33272165 33267165
PRKD2 25865 1 chr19 - 47217077-47225384 47217577
COL4A3 1285 1 chr2 + 228024280-228029780 228029280
CLTA 1211 1 chr9 + 36185852-36191352 36190852
HSD17B8 7923 1 chr6 + 33167413-33172913 33172413
GATA2 2624 1 chr3 - 128206264-128217030 128206764
REEP3 221035 1 chr10 + 65276122-65281622 65281122
C19orf54 284325 1 chr19 - 41255328-41260828 41255828
~ 9294 1 chr19 - 10341448-10346948 10341948
IGF2BP2 10644 1 chr3 - 185542327-185547827 185542827
LPXN 9404 1 chr11 - 58342890-58350639 58343390
DPP7 29952 1 chr9 - 140008695-140014195 140009195
FMR1 2332 1 chrX + 146988468-146993968 146993468
ATG2A 23130 1 chr11 - 64684222-64689722 64684722
SLC37A2 219855 1 chr11 + 124928012-124933512 124933012
PRKRA 8575 1 chr2 - 179314855-179320958 179315355
STK16 8576 1 chr2 + 220105191-220110691 220110191
CREB5 9586 1 chr7 + 28333939-28339439 28338939
BPTF 2186 1 chr17 + 65816779-65822279 65821779
JUNB 3726 1 chr19 + 12897309-12902809 12902309
TXLNG 55787 1 chrX + 16799554-16805054 16804554
TEAD4 7004 1 chr12 + 3063477-3069247 3068747
PFN1 5216 1 chr17 - 4851881-4857381 4852381
GRIK3 2899 1 chr1 - 37499344-37504844 37499844
MCM2 4171 1 chr3 + 127312199-127317699 127317199
CRISPLD1 83690 1 chr8 + 75891707-75897207 75896707
RDH5 5959 1 chr12 + 56109150-56114650 56114150
SKA2 348235 1 chr17 - 57232300-57237800 57232800
MAP3K1 4214 1 chr5 + 56105899-56111399 56110899
SPRED3 399473 1 chr19 + 38875839-38881339 38880839
OTUD5 55593 1 chrX - 48814393-48820648 48814893
EPCAM 4072 1 chr2 + 47591286-47596786 47596286
~ 7993 1 chr8 + 30596689-30602189 30601689
RNF223 401934 1 chr1 - 1009187-1014687 1009687
ARFIP1 27236 1 chr4 + 153696111-153701611 153701111
LPAR5 57121 1 chr12 - 6740315-6750297 6740815
HOOK3 84376 1 chr8 + 42747032-42752532 42752032
USP39 10713 1 chr2 + 85834225-85843714 85843214
PPM1K 152926 1 chr4 - 89205483-89210983 89205983
DAD1 1603 1 chr14 - 23057643-23063143 23058143
ELP3 55140 1 chr8 + 27945583-27951083 27950583
TPM3 7170 2 chr1 - 154164109-154169609 154164609
SMAD4 4089 1 chr18 + 48551582-48557082 48556582
GLI1 2735 1 chr12 + 57848917-57854433 57853933
TMX2 51075 1 chr11 + 57474994-57480494 57479994
KREMEN2 79412 1 chr16 + 3009216-3014716 3014216
GLB1L 79411 1 chr2 - 220109631-220115131 220110131
PRR3 80742 2 chr6 + 30519485-30524985 30524485
TRIM38 10475 1 chr6 + 25957916-25963416 25962916
TIGD6 81789 1 chr5 - 149379671-149385730 149380171
RFTN1 23180 1 chr3 - 16554722-16560222 16555222
C2orf68 388969 1 chr2 - 85838679-85844179 85839179
ECT2 1894 1 chr3 + 172463474-172468974 172468474
RRP12 23223 1 chr10 - 99160627-99166127 99161127
HDGF 3068 1 chr1 - 156721043-156727240 156721543
SPRYD3 84926 1 chr12 - 53472704-53478204 53473204
SRRM2 23524 1 chr16 + 2797329-2802829 2802329
PRR11 55771 1 chr17 + 57227859-57233359 57232859
PALMD 54873 1 chr1 + 100106430-100111930 100111430
~ 58515 1 chr3 - 53925489-53930989 53925989
N4BP3 23138 1 chr5 + 177535555-177541055 177540555
PLOD1 5351 1 chr1 + 11989723-11995223 11994723
SHISA5 51246 1 chr3 - 48540983-48547259 48541483
HNRNPC 3183 1 chr14 - 21737138-21742638 21737638
RNF40 9810 1 chr16 + 30767932-30773432 30772932
ZNF267 10308 1 chr16 + 31880078-31885578 31885078
TELO2 9894 1 chr16 + 1538351-1543851 1543351
PAQR4 124222 1 chr16 + 3014341-3019841 3019341
SNRPA 6626 1 chr19 + 41251758-41257258 41256758
KCTD11 147040 1 chr17 + 7250207-7255707 7255207
NOL11 25926 1 chr17 + 65709060-65714560 65714060
POLR3B 55703 1 chr12 + 106746435-106752359 106751859
ZBTB1 22890 1 chr14 + 64966291-64971791 64971291
WAC 51322 1 chr10 + 28817420-28822920 28822420
WDR53 348793 1 chr3 - 196294913-196300413 196295413
IGSF9B 22997 1 chr11 - 133826380-133831880 133826880
LAMB2 3913 1 chr3 - 49170099-49175599 49170599
SLC16A12 387700 1 chr10 - 91294813-91300313 91295313
ANKLE2 23141 1 chr12 - 133337951-133343451 133338451
LRRC16A 55604 1 chr6 + 25274655-25280155 25279655
LATS1 9113 1 chr6 - 150038892-150044392 150039392
GPX3 2878 1 chr5 + 150394998-150400498 150399998
MED19 219541 1 chr11 - 57479173-57484673 57479673
GMCL1 64395 1 chr2 + 70051817-70057317 70056817
BLOC1S1 2647 1 chr12 + 56104817-56110317 56109817
PHTF2 57157 1 chr7 + 77423108-77428608 77428108
RNF170 81790 1 chr8 - 42751366-42756866 42751866
MOB4 25843 1 chr2 + 198375294-198381521 198381021
HTR1B 3351 1 chr6 - 78172620-78178120 78173120
NDUFV3 4731 1 chr21 + 44308377-44313877 44313377
PPP3R1 5534 1 chr2 - 68479151-68484651 68479651
GATAD2B 57459 1 chr1 - 153894951-153900451 153895451
RUSC1 23623 1 chr1 + 155285639-155294717 155294217
C2orf54 79919 1 chr2 - 241830952-241840573 241831452
CEP63 80254 1 chr3 + 134199574-134205546 134205046
TMBIM6 7009 1 chr12 + 50130292-50136091 50135591
CDSN 1041 1 chr6 - 31087752-31093252 31088252
COL4A4 1286 1 chr2 - 228028775-228034275 228029275
UBE2W 55284 1 chr8 - 74790645-74796145 74791145
CYB5R1 51706 1 chr1 - 202935904-202941404 202936404
VPS37C 55048 1 chr11 - 60928416-60933916 60928916
INHBE 83729 1 chr12 + 57844095-57849595 57849095
MIER1 57708 1 chr1 + 67385577-67396425 67395925
ANAPC13 25847 1 chr3 - 134204331-134209865 134204831
PLEKHA2 59339 1 chr8 + 38753752-38759252 38758752
SH2B3 10019 1 chr12 + 111838751-111844251 111843751
DGKA 1606 1 chr12 + 56319945-56326311 56325811
KIF14 9928 1 chr1 - 200589362-200594862 200589862
ZBTB6 10773 1 chr9 - 125675107-125680607 125675607
RBL2 5934 1 chr16 + 53463350-53468850 53468350
CCBL2 56267 1 chr1 - 89458143-89463643 89458643
MCCC2 64087 1 chr5 + 70878114-70883614 70883114
RAB1B 81876 2 chr11 + 66031055-66036555 66036055
DPM2 8818 1 chr9 - 130700263-130705763 130700763
PHF21A 51317 1 chr11 - 46142485-46147985 46142985
EPDR1 54749 1 chr7 + 37955162-37961420 37960920
Need help? Please contact cplaisier(at)systemsbiology.org if you have any questions, comments or concerns.
Developed at the Institute for Systems Biology in the Baliga Lab.
A Django site.   Powered by PostgreSQL