Search TFs
or Genes
Construction
and Validation
Optimal
Promoter Size
Download Citation and
Contact

CUX1 target genes for motif:
CUX1_CUT_DBD_monomeric_10_1

The CUX1_CUT_DBD_monomeric_10_1 motif was discovered for CUX1 and was found in the SELEX repository.

CUX1 motif sequence logo


CUX1 motif positions


 

CUX1 target gene list


Download all CUX1 TF binding sites
GeneEntrez# of SitesStrandChromosomePromoter LocationTSS
SREBF2 6721 1 chr22 + 42224105-42229605 42229105
FNBP4 23360 1 chr11 - 47788493-47793993 47788993
GPR133 283383 1 chr12 + 131433451-131438951 131438451
DHX32 55760 1 chr10 - 127569384-127574884 127569884
PNPLA3 80339 1 chr22 + 44314618-44320118 44319618
DCLRE1A 9937 1 chr10 - 115613475-115619163 115613975
SYCP2L 221711 1 chr6 + 10882063-10887563 10887063
C6orf228 221710 1 chr6 + 11089265-11094765 11094265
BIN3 55909 1 chr8 - 22526161-22531661 22526661
TGFB2 7042 1 chr1 + 218513675-218519175 218518675
TGFBR2 7048 1 chr3 + 30642993-30648493 30647993
CDKL5 6792 1 chrX + 18438724-18444224 18443724
IBTK 25998 1 chr6 - 82956948-82962448 82957448
AADAT 51166 1 chr4 - 171010683-171016372 171011183
SDCCAG8 10806 1 chr1 + 243414306-243419806 243419306
SPACA1 81833 1 chr6 + 88752506-88762506 0
ITGA7 3679 1 chr12 - 56101186-56111089 56101686
GRIA3 2892 1 chrX + 122313095-122318595 122318095
OR4E2 26686 1 chr14 + 22128296-22138296 0
HKDC1 80201 1 chr10 + 70975058-70980558 70980058
CXorf65 158830 1 chrX - 70326138-70331638 70326638
HAPLN1 1404 1 chr5 - 83016396-83021896 83016896
MAP3K5 4217 1 chr6 - 137113156-137118656 137113656
MEIS1 4211 1 chr2 + 66657531-66663031 66662531
BZRAP1 9256 1 chr17 - 56405652-56411152 56406152
GMDS 2762 1 chr6 - 2245368-2250868 2245868
ACAT1 38 1 chr11 + 107987257-107992757 107992257
SAMD13 148418 1 chr1 + 84759048-84768833 84768333
SLC1A3 6507 1 chr5 + 36601456-36608930 36608430
C6orf170 221322 1 chr6 - 121655144-121660644 121655644
F13B 2165 1 chr1 - 197035897-197041397 197036397
POSTN 10631 1 chr13 - 38172481-38177981 38172981
HRCT1 646962 1 chr9 + 35901188-35906688 35906188
C11orf71 54494 1 chr11 - 114270772-114276272 114271272
C7orf45 136263 1 chr7 + 129842703-129848203 129847703
RAB34 83871 1 chr17 - 27044408-27050286 27044908
RPRD2 23248 1 chr1 + 150331989-150337489 150336989
SEC31A 22872 1 chr4 - 83811835-83817419 83812335
MRO 83876 1 chr18 - 48345934-48356754 48346434
HIST1H2BM 8342 1 chr6 + 27777821-27783321 27782821
HIST1H2BL 8340 1 chr6 - 27775209-27780709 27775709
MIA 8190 1 chr19 + 41276081-41281781 41281281
PSMC6 5706 1 chr14 + 53168895-53174395 53173895
RPS11 6205 1 chr19 + 49994621-50000121 49999621
RPS12 6206 1 chr6 + 133130707-133136207 133135707
AFF3 3899 1 chr2 - 100758537-100764037 100759037
VCP 7415 1 chr9 - 35072239-35077739 35072739
GGT7 2686 1 chr20 - 33460161-33465661 33460661
CCDC148 130940 1 chr2 - 159312765-159318265 159313265
RHOQ 23433 1 chr2 + 46764866-46770366 46769866
APOLD1 81575 1 chr12 + 12873850-12879350 12878850
ANKRD2 26287 1 chr10 + 99327255-99332755 99332255
SLC17A2 10246 1 chr6 - 25930446-25935946 25930946
MNF1 84300 1 chr6 - 33679028-33684528 33679528
PER1 5187 1 chr17 - 8055253-8060753 8055753
HOXA4 3201 1 chr7 - 27169899-27175399 27170399
HOXA3 3200 1 chr7 - 27166139-27171639 27166639
ABLIM3 22885 1 chr5 + 148516053-148521553 148521053
FFAR1 2864 1 chr19 + 35837444-35842944 35842444
FFAR3 2865 1 chr19 + 35844487-35849987 35849487
STRN4 29888 1 chr19 - 47249220-47254720 47249720
GRK5 2869 1 chr10 + 120962196-120967696 120967196
RNASE8 122665 1 chr14 + 21521051-21526551 21526051
PRCD 768206 1 chr17 + 74531120-74536620 74536120
POLD4 57804 1 chr11 - 67120567-67126067 67121067
CLU 1191 1 chr8 - 27471828-27477328 27472328
FDPS 2224 1 chr1 + 155273538-155279204 155278704
MS4A13 503497 1 chr11 + 60277885-60283385 60282885
ADM 133 1 chr11 + 10321641-10327141 10326641
MS4A15 219995 1 chr11 + 60519339-60524839 60524339
MGST2 4258 1 chr4 + 140581921-140587421 140586921
PPM1N 147699 1 chr19 + 45996730-46002230 46001730
MTMR4 9110 1 chr17 - 56594751-56600251 56595251
SEC22C 9117 1 chr3 - 42642072-42647572 42642572
PPP3R1 5534 1 chr2 - 68479151-68484651 68479651
G6PC 2538 1 chr17 + 41047813-41053313 41052813
MGLL 11343 1 chr3 - 127541225-127547093 127541725
ABCC9 10060 1 chr12 - 22089128-22094628 22089628
PRR13 54458 1 chr12 + 53830432-53835932 53835432
C5orf43 643155 1 chr5 - 60457802-60463302 60458302
MOV10L1 54456 1 chr22 + 50523434-50529184 50528684
RNF44 22838 1 chr5 - 175963921-175969421 175964421
RPIA 22934 1 chr2 + 88986175-88991675 88991175
ACOT9 23597 1 chrX - 23760907-23766407 23761407
PATZ1 23598 1 chr22 - 31741749-31747249 31742249
GLYCTK 132158 1 chr3 + 52316835-52322335 52321835
AGPAT3 56894 1 chr21 + 45280115-45285615 45285115
WARS 7453 1 chr14 - 100841427-100847680 100841927
C8orf4 56892 2 chr8 + 40005986-40011486 40010986
PROS1 5627 1 chr3 - 93692434-93697934 93692934
ZNF41 7592 1 chrX - 47341845-47347345 47342345
ARID5B 84159 1 chr10 + 63656012-63661512 63661012
SCML1 6322 1 chrX + 17750591-17756091 17755591
TMEM141 85014 1 chr9 + 139680776-139686276 139685776
NLRP14 338323 1 chr11 + 7036699-7042199 7041699
LCK 3932 1 chr1 + 32711839-32717339 32716839
HIST1H2AJ 8331 1 chr6 - 27782018-27787518 27782518
FAM136A 84908 1 chr2 - 70528720-70534220 70529220
IL2RG 3561 1 chrX - 70330981-70336481 70331481
IL6 3569 1 chr7 + 22761765-22767265 22766765
MAP4 4134 1 chr3 - 48130269-48135769 48130769
WDR12 55759 1 chr2 - 203776449-203781949 203776949
LAPTM4B 55353 1 chr8 + 98782808-98788308 98787808
RPL23A 6147 1 chr17 + 27041999-27047499 27046999
ARHGDIA 396 1 chr17 - 79828290-79834282 79828790
CTBP2 1488 1 chr10 - 126848603-126854624 126849103
SULT1E1 6783 1 chr4 - 70725370-70730870 70725870
C12orf56 115749 1 chr12 - 64783845-64789345 64784345
FSBP 100861412 1 chr8 - 95448680-95454180 95449180
SOX11 6664 1 chr2 + 5827798-5833298 5832798
IRF4 3662 1 chr6 + 386738-392238 391738
KCNA6 3742 1 chr12 + 4913341-4918841 4918341
RTN2 6253 1 chr19 - 45996003-46005313 45996503
POLR3A 11128 1 chr10 - 79788798-79794298 79789298
HIST1H2AH 85235 1 chr6 + 27109860-27115360 27114860
HIST1H2BK 85236 1 chr6 - 27114137-27119637 27114637
TMEM123 114908 1 chr11 - 102323275-102328775 102323775
CYFIP2 26999 1 chr5 + 156688090-156696861 156696361
STXBP4 252983 1 chr17 + 53041125-53046625 53046125
MTMR11 10903 1 chr1 - 149907766-149913791 149908266
CTNNAL1 8727 1 chr9 - 111775264-111780764 111775764
PKP4 8502 1 chr2 + 159308475-159313975 159313475
ARRDC3 57561 2 chr5 - 90678649-90684149 90679149
NKAIN1 79570 1 chr1 - 31712234-31717734 31712734
TMEM169 92691 1 chr2 + 216941588-216947088 216946588
RAB4B 53916 1 chr19 + 41279123-41284623 41284123
TMED1 11018 1 chr19 - 10946483-10951983 10946983
PRB1 5542 1 chr12 - 11508024-11513524 11508524
NKTR 4820 1 chr3 + 42637146-42642646 42642146
CCPG1 9236 1 chr15 - 55700074-55705708 55700574
WIPI1 55062 1 chr17 - 66453153-66458653 66453653
LGI1 9211 1 chr10 + 95512565-95518065 95517565
RFX8 731220 1 chr2 - 102090665-102096165 102091165
ZNF213 7760 1 chr16 + 3180056-3185633 3185133
ZNF214 7761 1 chr11 - 7041086-7046586 7041586
PPIP5K2 23262 1 chr5 + 102450957-102456457 102455957
GAPT 202309 1 chr5 + 57782329-57787829 57787329
CLRN2 645104 1 chr4 + 17511787-17517287 17516787
STX4 6810 1 chr16 + 31039415-31045311 31044811
TRIM38 10475 1 chr6 + 25957916-25963416 25962916
HDAC4 9759 1 chr2 - 240322143-240327643 240322643
NXPH2 11249 1 chr2 - 139537311-139542811 139537811
DARS 1615 1 chr2 - 136742722-136748222 136743222
WNK1 65125 1 chr12 + 857088-862588 862088
TMED6 146456 1 chr16 - 69385212-69390712 69385712
INHBA 3624 1 chr7 - 41742206-41747706 41742706
LYPD1 116372 1 chr2 - 133427981-133434070 133428481
NKIRAS1 28512 1 chr3 - 23958037-23963537 23958537
RPL15 6138 1 chr3 + 23953294-23959695 23959195
FAM73A 374986 1 chr1 + 78240308-78245808 78245308
PMAIP1 5366 1 chr18 + 57562191-57567691 57567191
RBMS1 5937 1 chr2 - 161349818-161355318 161350318
FAM150B 285016 1 chr2 - 287808-293308 288308
PIWIL2 55124 1 chr8 + 22127809-22133579 22133079
VAT1L 57687 1 chr16 + 77817482-77822982 77822482
PDGFC 56034 1 chr4 - 157892046-157897546 157892546
NDST4 64579 1 chr4 - 116034532-116040032 116035032
BNIP2 663 3 chr15 - 59981142-59986642 59981642
RIC8B 55188 1 chr12 + 107163398-107168898 107168398
OBP2B 29989 1 chr9 - 136084128-136089628 136084628
CPSF6 11052 1 chr12 + 69628316-69633816 69633316
FAM19A1 407738 1 chr3 + 68035733-68041233 68040733
HSF5 124535 1 chr17 - 56565259-56570759 56565759
MRPL41 64975 1 chr9 + 140441308-140446808 140446308
ZC3H12C 85463 1 chr11 + 109959086-109964586 109964086
SPATA25 128497 1 chr20 - 44515738-44521238 44516238
RTN4 57142 1 chr2 - 55275826-55282734 55276326
GJB5 2709 1 chr1 + 35215647-35221147 35220647
COMT 1312 1 chr22 + 19924262-19929762 19929262
ABCC5 10057 1 chr3 - 183735227-183740727 183735727
PAPPA 5069 1 chr9 + 118911070-118916570 118916070
CDKN1B 1027 1 chr12 + 12865301-12870801 12870301
WDR25 79446 1 chr14 + 100837754-100843332 100842832
MLLT10 8028 1 chr10 + 21818100-21824073 21823573
PLIN2 123 1 chr9 - 19127104-19132604 19127604
ATF6 22926 1 chr1 + 161731033-161736533 161736033
TWF1 5756 1 chr12 - 44199678-44205178 44200178
MFAP1 4236 1 chr15 - 44116451-44121951 44116951
CPED1 79974 1 chr7 + 120623750-120629944 120629444
TMEM217 221468 1 chr6 - 37224913-37230931 37225413
C10orf32 119032 1 chr10 + 104608966-104614466 104613966
BIVM 54841 1 chr13 + 103446398-103451898 103451398
KCNK15 60598 1 chr20 + 43369487-43374987 43374487
ATXN1 6310 1 chr6 - 16761221-16766721 16761721
ATXN10 25814 1 chr22 + 46062677-46068177 46067677
GNGT1 2792 1 chr7 + 93530819-93536319 93535819
ISYNA1 51477 1 chr19 - 18547619-18554111 18548119
HIST1H2AM 8329 1 chr6 + 27770976-27776476 27775976
HRG 3273 1 chr3 + 186378797-186384297 186383797
HRC 3270 1 chr19 - 49658181-49663681 49658681
SOCS5 9655 1 chr2 + 46921098-46926848 46926348
ARL4C 10123 1 chr2 - 235405193-235410693 235405693
UGT2B10 7365 1 chr4 - 69676712-69682212 69677212
GSK3A 2931 1 chr19 - 42746236-42751736 42746736
ARHGAP17 55114 1 chr16 - 25026175-25031675 25026675
PCDH17 27253 1 chr13 + 58200788-58206288 58205788
STAT4 6775 1 chr2 - 192015486-192021322 192015986
CD101 9398 1 chr1 + 117539371-117544871 117544371
TBC1D22B 55633 1 chr6 + 37220547-37226047 37225547
ATXN7L3B 552889 1 chr12 + 74926550-74932050 74931550
SMYD1 150572 1 chr2 + 88362298-88367798 88367298
CLTCL1 8218 1 chr22 - 19278739-19284239 19279239
PNPLA7 375775 1 chr9 - 140444486-140449986 140444986
SMTNL2 342527 1 chr17 + 4482275-4488333 4487833
GPRC6A 222545 1 chr6 + 117145198-117155198 0
SULF2 55959 1 chr20 - 46414308-46420360 46414808
TOP2A 7153 1 chr17 - 38573702-38579202 38574202
C8A 731 1 chr1 + 57315442-57320942 57320442
KRCC1 51315 1 chr2 - 88354748-88360248 88355248
TNIP1 10318 1 chr5 - 150466247-150472221 150466747
RABEP1 9135 1 chr17 + 5180557-5186057 5185557
COX11 1353 1 chr17 - 53045564-53051064 53046064
ZNF281 23528 1 chr1 - 200378666-200384166 200379166
ATF1 466 1 chr12 + 51152788-51158288 51157788
TM4SF19 116211 1 chr3 - 196064791-196070291 196065291
PREP 5550 1 chr6 - 105850499-105855999 105850999
SAMD9L 219285 1 chr7 - 92777180-92782680 92777680
SALL1 6299 2 chr16 - 51184008-51190183 51184508
SPSB1 80176 1 chr1 + 9347940-9353440 9352940
USP44 84101 1 chr12 - 95942120-95950263 95942620
GRN 2896 1 chr17 + 42417490-42422990 42422490
ITGAV 3685 1 chr2 + 187449789-187455289 187454789
BVES 11149 1 chr6 - 105583721-105590049 105584221
ASB6 140459 1 chr9 - 132403948-132409448 132404448
NEURL2 140825 1 chr20 + 44514901-44524901 0
SLC30A5 64924 1 chr5 + 68384775-68390275 68389775
GRPEL1 80273 1 chr4 - 7069300-7074800 7069800
GLP2R 9340 1 chr17 + 9724380-9734380 0
~ 8365 1 chr6 - 26285227-26290727 26285727
PCMT1 5110 1 chr6 + 150065830-150071330 150070830
~ 8368 1 chr6 - 27840789-27846289 27841289
SLAIN1 122060 1 chr13 + 78266988-78273515 78273015
PARP11 57097 1 chr12 - 3982108-3987608 3982608
DENR 8562 1 chr12 + 123232370-123237870 123237370
FAM169B 283777 1 chr15 - 99057111-99062611 99057611
INTS6 26512 1 chr13 - 52026775-52032275 52027275
IER2 9592 1 chr19 + 13256281-13261781 13261281
DET1 55070 2 chr15 - 89089412-89094912 89089912
C7orf63 79846 1 chr7 + 89869487-89874987 89874487
~ 145788 1 chr15 + 55695722-55701222 55700722
SIVA1 10572 1 chr14 + 105214469-105219969 105219469
TOB2 10766 1 chr22 - 41842527-41848027 41843027
NHLRC2 374354 1 chr10 + 115609390-115614890 115614390
RPS24 6229 1 chr10 + 79788517-79794017 79793517
DENND4A 10260 1 chr15 - 66084131-66089631 66084631
SLC22A15 55356 1 chr1 + 116514118-116519618 116519118
U2SURP 23350 1 chr3 + 142715371-142720871 142720371
PFKFB3 5209 1 chr10 + 6181842-6187342 6186842
TMEM209 84928 1 chr7 - 129844838-129850338 129845338
PACSIN2 11252 1 chr22 - 43410684-43416184 43411184
APP 351 1 chr21 - 27542638-27548446 27543138
ASAP2 8853 1 chr2 + 9341893-9347393 9346893
FLAD1 80308 1 chr1 + 154950769-154956269 154955769
SUPT16H 11198 1 chr14 - 21851925-21857425 21852425
CTSA 5476 1 chr20 + 44514590-44520090 44519590
PPAT 5471 1 chr4 - 57301302-57306802 57301802
TAF4 6874 1 chr20 - 60640366-60645866 60640866
CCDC171 203238 1 chr9 + 15548096-15553596 15553096
NXT2 55916 1 chrX + 108774009-108780846 108780346
SCML4 256380 1 chr6 - 108145021-108150521 108145521
FKRP 79147 1 chr19 + 47244302-47249802 47249302
LRRTM3 347731 1 chr10 + 68680791-68686291 68685791
CFL1 1072 1 chr11 - 65625304-65630804 65625804
~ 140776 1 chr17 + 17317657-17323157 17322657
SERTAD4 56256 1 chr1 + 210401194-210406694 210406194
C20orf197 284756 1 chr20 + 58625979-58631479 58630979
PECR 55825 1 chr2 - 216946039-216951539 216946539
HIGD1C 613227 1 chr12 + 51342781-51348281 51347781
~ 440567 1 chr1 - 16133694-16139194 16134194
C1orf229 388759 1 chr1 - 247275219-247280719 247275719
INTS7 25896 1 chr1 - 212208502-212214002 212209002
PGBD2 267002 1 chr1 + 249195441-249200941 249200441
STK17A 9263 1 chr7 + 43617691-43623191 43622691
STK17B 9262 1 chr2 - 197035836-197041336 197036336
MUS81 80198 1 chr11 + 65622871-65628371 65627871
ARHGEF28 64283 1 chr5 + 72916982-72922482 72921982
USP7 7874 1 chr16 - 9056841-9062341 9057341
DTL 51514 1 chr1 + 212203918-212209418 212208918
QSOX1 5768 1 chr1 + 180118967-180124467 180123967
CEP170 9859 1 chr1 - 243418208-243423708 243418708
HAT1 8520 1 chr2 + 172773934-172779434 172778934
DSTN 11034 1 chr20 + 17545598-17551098 17550598
ALS2CR8 79800 1 chr2 + 203771977-203777616 203777116
WDR76 79968 1 chr15 + 44114111-44119611 44119111
PAICS 10606 1 chr4 + 57296914-57302768 57302268
CUX1 1523 1 chr7 + 101454183-101461381 101460881
DEPDC7 91614 1 chr11 + 33032409-33038227 33037727
ANXA6 309 1 chr5 - 150536943-150542443 150537443
CELA3A 10136 1 chr1 + 22323148-22328648 22328148
EGLN3 112399 1 chr14 - 34419784-34425284 34420284
MTMR12 54545 1 chr5 - 32312614-32318114 32313114
CDK17 5128 1 chr12 - 96793866-96799366 96794366
UBAC1 10422 1 chr9 - 138852726-138858226 138853226
AGFG2 3268 1 chr7 + 100131833-100137333 100136833
EEF2 1938 1 chr19 - 3984961-3990461 3985461
~ 8354 1 chr6 - 27839599-27845099 27840099
~ 8357 1 chr6 + 27772841-27778341 27777841
SIK3 23387 1 chr11 - 116968493-116973993 116968993
GIN1 54826 1 chr5 - 102455342-102460842 102455842
CDHR2 54825 1 chr5 + 175964511-175970011 175969511
AKR1B15 441282 1 chr7 + 134228848-134234348 134233848
DPY30 84661 1 chr2 - 32264344-32269844 32264844
C6orf62 81688 1 chr6 - 24718903-24724403 24719403
PKD2L1 9033 1 chr10 - 102089743-102095243 102090243
PLD1 5337 1 chr3 - 171527784-171533284 171528284
HOXB7 3217 1 chr17 - 46687883-46693383 46688383
~ 100861437 1 chr17 - 27044408-27049908 27044908
HOXB8 3218 1 chr17 - 46691801-46697301 46692301
PTPRC 5788 1 chr1 + 198603097-198608597 198608097
QDPR 5860 1 chr4 - 17513357-17518857 17513857
C9orf64 84267 1 chr9 - 86571163-86576663 86571663
DUSP22 56940 1 chr6 + 287100-292600 292100
MAMLD1 10046 1 chrX + 149526550-149532050 149531550
ABCD2 225 1 chr12 - 40013343-40018843 40013843
ALDH9A1 223 1 chr1 - 165667400-165672900 165667900
TPM1 7168 1 chr15 + 63329837-63335337 63334837
KDELC1 79070 1 chr13 - 103450904-103456404 103451404
ZFHX4 79776 1 chr8 + 77588514-77594014 77593514
THTPA 79178 1 chr14 + 24020197-24025697 24025197
B3GNT2 10678 1 chr2 + 62418261-62423761 62423261
CKS1B 1163 1 chr1 + 154942117-154947617 154947117
SKIDA1 387640 1 chr10 - 21814111-21819611 21814611
TCN2 6948 1 chr22 + 30998069-31003569 31003069
CD82 3732 1 chr11 + 44582140-44587640 44587140
METTL7A 25840 1 chr12 + 51313533-51319033 51318533
ZNF93 81931 1 chr19 + 20006721-20012221 20011721
ZFHX2 85446 1 chr14 - 24020358-24025858 24020858
STX10 8677 1 chr19 - 13260688-13266188 13261188
SALL4 57167 1 chr20 - 50418548-50424048 50419048
VAMP4 8674 1 chr1 - 171710879-171716379 171711379
ST6GALNAC5 81849 1 chr1 + 77328185-77333685 77333185
SCN5A 6331 1 chr3 - 38690663-38696164 38691163
RBM7 10179 1 chr11 + 114266383-114271883 114271383
BLOC1S1 2647 1 chr12 + 56104817-56110317 56109817
PTGER4 5734 1 chr5 + 40675031-40680531 40680031
BATF2 116071 1 chr11 - 64764017-64769517 64764517
EEA1 8411 1 chr12 - 93322607-93328107 93323107
MTRNR2L1 100462977 2 chr17 + 22017436-22022936 22022436
SLC8A1 6546 1 chr2 - 40739075-40744575 40739575
KCNN2 3781 1 chr5 + 113693015-113698515 113698015
TMEM214 54867 1 chr2 + 27250773-27256273 27255773
SIRT7 51547 1 chr17 - 79875558-79881058 79876058
SHC1 6464 1 chr1 - 154942723-154951959 154943223
ADAMTS1 9510 1 chr21 - 28217228-28222728 28217728
RPS29 6235 1 chr14 - 50052594-50058094 50053094
MRS2 57380 1 chr6 + 24398152-24403652 24403152
Need help? Please contact cplaisier(at)systemsbiology.org if you have any questions, comments or concerns.
Developed at the Institute for Systems Biology in the Baliga Lab.
A Django site.   Powered by PostgreSQL