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C9orf40 Entrez Description Chrom. Strand Promoter (Start - Stop) TSS 55071 chromosome 9 open reading frame 40 chr9 - 77567302 - 77572802 77567802 Transcription Factor Binding Sites   Download all TFBS in the C9orf40 promoter   Motif Source Strand Start Stop PValue Match Sequence Overlap w/ Footprints Uncx_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 77567938 77567945 4.0E-06 TTAATTAA 8 Uncx_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 77567938 77567945 4.0E-06 TTAATTAA 8 Uncx_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 77568707 77568714 4.0E-06 TTAATTAA 8 Uncx_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 77568707 77568714 4.0E-06 TTAATTAA 8 SOX21_HMG_DBD_dimeric_15_1 SELEX - 77568686 77568700 4.0E-06 AACAATTTTAGGTTT 15 PITX3_homeodomain_DBD_monomeric_9_1 SELEX - 77567934 77567942 2.0E-06 ATTAATCCC 9 GABPA_MA0062.2 JASPAR + 77567894 77567904 4.0E-06 CCGGAAGTGCG 11 SOX4_HMG_DBD_dimeric_16_1 SELEX - 77568686 77568701 9.0E-06 CAACAATTTTAGGTTT 16 LMX1A_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 77567938 77567945 4.0E-06 TTAATTAA 8 LMX1A_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 77567938 77567945 4.0E-06 TTAATTAA 8 LMX1A_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 77568707 77568714 4.0E-06 TTAATTAA 8 LMX1A_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 77568707 77568714 4.0E-06 TTAATTAA 8 ISX_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 77567938 77567945 9.0E-06 TTAATTAA 8 ISX_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 77567938 77567945 9.0E-06 TTAATTAA 8 ISX_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 77568707 77568714 9.0E-06 TTAATTAA 8 ISX_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 77568707 77568714 9.0E-06 TTAATTAA 8 IRF7_IRF_DBD_dimeric_14_1 SELEX - 77567356 77567369 5.0E-06 CCGAAAGCGCAAAA 14 ALX3_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX + 77567937 77567946 8.0E-06 ATTAATTAAA 10 ALX3_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX - 77567937 77567946 5.0E-06 TTTAATTAAT 10 FLI1_ETS_full_monomeric_10_1 SELEX + 77567893 77567902 2.0E-06 ACCGGAAGTG 10 ETV5_ETS_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567893 77567902 3.0E-06 ACCGGAAGTG 10 ERG_ETS_full_monomeric_10_1 SELEX + 77567893 77567902 1.0E-06 ACCGGAAGTG 10 ETV3_ETS_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567893 77567902 1.0E-06 ACCGGAAGTG 10 PROX1_PROX_DBD_dimeric_12_1 SELEX - 77566994 77567005 7.0E-06 TAAGACGCCTGA 12 NHLH1_MA0048.1 JASPAR + 77568528 77568539 4.0E-06 GCGCAGCTGCTG 12 NHLH1_MA0048.1 JASPAR - 77568528 77568539 5.0E-06 CAGCAGCTGCGC 12 FOXG1_forkhead_DBD_dimeric_17_1 SELEX - 77565434 77565450 0.0E+00 AAAATCAACTGAAAACA 17 SRY_HMG_DBD_dimeric_13_2 SELEX + 77565349 77565361 1.0E-05 TGAAGAGCTTTCA 13 RXRA_nuclearreceptor_full_dimeric_14_2 SELEX + 77567969 77567982 7.0E-06 AGGGGCGTGACCTT 14 KLF14_C2H2_DBD_monomeric_14_1 SELEX - 77567967 77567980 2.0E-06 GGTCACGCCCCTCT 14 FEV_ETS_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567893 77567902 2.0E-06 ACCGGAAGTG 10 Shox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 77567938 77567945 9.0E-06 TTAATTAA 8 Shox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 77567938 77567945 9.0E-06 TTAATTAA 8 Shox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 77568707 77568714 9.0E-06 TTAATTAA 8 Shox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 77568707 77568714 9.0E-06 TTAATTAA 8 Rxra_nuclearreceptor_DBD_dimeric_12_1 SELEX + 77567970 77567981 7.0E-06 GGGGCGTGACCT 12 ESX1_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX + 77567937 77567946 3.0E-06 ATTAATTAAA 10 SOX8_HMG_full_dimeric_15_1 SELEX - 77568686 77568700 3.0E-06 AACAATTTTAGGTTT 15 SOX8_HMG_full_dimeric_17_1 SELEX + 77565588 77565604 8.0E-06 AAGAAATTTCATTTATT 17 Alx1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567937 77567946 6.0E-06 ATTAATTAAA 10 Alx1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 77567937 77567946 4.0E-06 TTTAATTAAT 10 ETV1_ETS_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567893 77567902 2.0E-06 ACCGGAAGTG 10 NKX6-2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 77567938 77567945 9.0E-06 TTAATTAA 8 NKX6-2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 77567938 77567945 9.0E-06 TTAATTAA 8 NKX6-2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 77568707 77568714 9.0E-06 TTAATTAA 8 NKX6-2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 77568707 77568714 9.0E-06 TTAATTAA 8 Sox17_HMG_DBD_dimeric_15_1 SELEX - 77568686 77568700 9.0E-06 AACAATTTTAGGTTT 15 PRRX2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 77567938 77567945 9.0E-06 TTAATTAA 8 PRRX2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 77567938 77567945 9.0E-06 TTAATTAA 8 PRRX2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 77568707 77568714 9.0E-06 TTAATTAA 8 PRRX2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 77568707 77568714 9.0E-06 TTAATTAA 8 KLF13_C2H2_full_monomeric_18_1 SELEX - 77567964 77567981 2.0E-06 AGGTCACGCCCCTCTGCG 18 LMX1B_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 77567938 77567945 9.0E-06 TTAATTAA 8 LMX1B_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 77567938 77567945 9.0E-06 TTAATTAA 8 LMX1B_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 77568707 77568714 9.0E-06 TTAATTAA 8 LMX1B_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 77568707 77568714 9.0E-06 TTAATTAA 8 HOXA1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567937 77567946 1.0E-06 ATTAATTAAA 10 HOXA1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 77568706 77568715 3.0E-06 ATTAATTAAG 10 PITX1_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 77567934 77567941 1.0E-05 TTAATCCC 8 HOXB5_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567937 77567946 1.0E-06 ATTAATTAAA 10 HOXB5_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 77567937 77567946 6.0E-06 TTTAATTAAT 10 HOXB5_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 77568706 77568715 2.0E-06 ATTAATTAAG 10 ETV2_ETS_DBD_monomeric_11_1 SELEX + 77567892 77567902 1.0E-05 GACCGGAAGTG 11 Sox17_HMG_DBD_dimeric_15_2 SELEX + 77565589 77565603 7.0E-06 AGAAATTTCATTTAT 15 HOXD13_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 77565552 77565561 1.0E-06 CCAATAAAAT 10 ALX3_homeodomain_full_dimeric_13_1 SELEX - 77565554 77565566 1.0E-05 AAAATCCAATAAA 13 HOXB2_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567937 77567946 5.0E-06 ATTAATTAAA 10 RAX_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567937 77567946 2.0E-06 ATTAATTAAA 10 HOXD8_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567937 77567946 7.0E-06 ATTAATTAAA 10 SHOX_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 77567938 77567945 9.0E-06 TTAATTAA 8 SHOX_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 77567938 77567945 9.0E-06 TTAATTAA 8 SHOX_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 77568707 77568714 9.0E-06 TTAATTAA 8 SHOX_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 77568707 77568714 9.0E-06 TTAATTAA 8 FOXO4_forkhead_DBD_putatively-multimeric_12_1 SELEX - 77567045 77567056 0.0E+00 TTTCCCCACACA 12 RXRG_nuclearreceptor_DBD_dimeric_14_2 SELEX + 77567969 77567982 6.0E-06 AGGGGCGTGACCTT 14 ETS1_ETS_full_monomeric_10_1 SELEX + 77567893 77567902 3.0E-06 ACCGGAAGTG 10 PRRX1_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 77567938 77567945 9.0E-06 TTAATTAA 8 PRRX1_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 77567938 77567945 9.0E-06 TTAATTAA 8 PRRX1_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 77568707 77568714 9.0E-06 TTAATTAA 8 PRRX1_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 77568707 77568714 9.0E-06 TTAATTAA 8 ETV4_ETS_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567893 77567902 4.0E-06 ACCGGAAGTG 10 ELK4_ETS_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567893 77567902 2.0E-06 ACCGGAAGTG 10 DRGX_homeodomain_DBD_dimeric_13_1 SELEX - 77565554 77565566 9.0E-06 AAAATCCAATAAA 13 ELK4_MA0076.1 JASPAR + 77567893 77567901 4.0E-06 ACCGGAAGT 9 Alx4_homeodomain_DBD_dimeric_13_1 SELEX - 77565554 77565566 8.0E-06 AAAATCCAATAAA 13 NOTO_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567937 77567946 9.0E-06 ATTAATTAAA 10 NOTO_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 77568706 77568715 9.0E-06 ATTAATTAAG 10 MIXL1_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX + 77567937 77567946 0.0E+00 ATTAATTAAA 10 MIXL1_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX - 77567937 77567946 3.0E-06 TTTAATTAAT 10 MIXL1_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX - 77568706 77568715 5.0E-06 ATTAATTAAG 10 Vsx1_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 77567938 77567945 9.0E-06 TTAATTAA 8 Vsx1_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 77567938 77567945 9.0E-06 TTAATTAA 8 Vsx1_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 77568707 77568714 9.0E-06 TTAATTAA 8 Vsx1_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 77568707 77568714 9.0E-06 TTAATTAA 8 Lhx3_MA0135.1 JASPAR + 77565596 77565608 9.0E-06 TCATTTATTTTTT 13 Lhx3_MA0135.1 JASPAR + 77567935 77567947 6.0E-06 GGATTAATTAAAG 13 Lhx3_MA0135.1 JASPAR - 77567936 77567948 3.0E-06 TCTTTAATTAATC 13 SOX7_HMG_full_dimeric_17_1 SELEX - 77568685 77568701 3.0E-06 CAACAATTTTAGGTTTC 17 HOXA13_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX - 77565552 77565561 1.0E-06 CCAATAAAAT 10 HESX1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 77567937 77567946 9.0E-06 TTTAATTAAT 10 GSX2_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567937 77567946 1.0E-06 ATTAATTAAA 10 CART1_homeodomain_DBD_dimeric_13_1 SELEX - 77565554 77565566 7.0E-06 AAAATCCAATAAA 13 Foxd3_MA0041.1 JASPAR + 77565598 77565609 2.0E-06 ATTTATTTTTTT 12 RHOXF1_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 77567934 77567941 1.0E-05 TTAATCCC 8 Hoxd3_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567937 77567946 8.0E-06 ATTAATTAAA 10 Hoxd3_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 77568706 77568715 8.0E-06 ATTAATTAAG 10 Stat3_MA0144.1 JASPAR + 77568563 77568572 2.0E-06 TTCCTGGAAG 10 ERF_ETS_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567893 77567902 1.0E-06 ACCGGAAGTG 10 HOXB3_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567937 77567946 3.0E-06 ATTAATTAAA 10 ELK1_ETS_full_monomeric_10_1 SELEX + 77567893 77567902 2.0E-06 ACCGGAAGTG 10 Hoxd9_homeodomain_DBD_monomeric_9_1 SELEX - 77565553 77565561 6.0E-06 CCAATAAAA 9 SOX18_HMG_full_dimeric_15_3 SELEX + 77565589 77565603 8.0E-06 AGAAATTTCATTTAT 15 TEAD1_TEA_full_dimeric_17_1 SELEX + 77568560 77568576 8.0E-06 ACATTCCTGGAAGATCT 17 HOXC13_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 77565552 77565561 1.0E-06 CCAATAAAAT 10 GABPA_ETS_full_monomeric_10_1 SELEX + 77567893 77567902 2.0E-06 ACCGGAAGTG 10 FOXO3_forkhead_full_putatively-multimeric_11_1 SELEX - 77567046 77567056 0.0E+00 TTTCCCCACAC 11 Sox11_HMG_DBD_dimeric_15_1 SELEX - 77568686 77568700 2.0E-06 AACAATTTTAGGTTT 15 LBX2_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567937 77567946 6.0E-06 ATTAATTAAA 10 Elk3_ETS_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567893 77567902 2.0E-06 ACCGGAAGTG 10 GSX1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77567937 77567946 2.0E-06 ATTAATTAAA 10 GSX1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 77568706 77568715 8.0E-06 CTTAATTAAT 10 ETV6_ETS_full_monomeric_10_1 SELEX + 77567893 77567902 3.0E-06 ACCGGAAGTG 10 IRF5_IRF_full_dimeric_14_1 SELEX + 77568683 77568696 6.0E-06 CTGAAACCTAAAAT 14 FOXO6_forkhead_DBD_putatively-multimeric_14_1 SELEX - 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77568529 77568538 5.0E-06 AGCAGCTGCG 10 RARA_nuclearreceptor_full_dimeric_15_1 SELEX - 77566758 77566772 5.0E-06 CAGGGCATAGGTTCA 15 ONECUT3_CUT_DBD_monomeric_14_1 SELEX - 77565595 77565608 1.0E-05 AAAAAATAAATGAA 14 Lhx4_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 77567938 77567945 4.0E-06 TTAATTAA 8 Lhx4_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 77567938 77567945 4.0E-06 TTAATTAA 8 Lhx4_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 77568707 77568714 4.0E-06 TTAATTAA 8 Lhx4_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 77568707 77568714 4.0E-06 TTAATTAA 8 HOXB13_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 77565552 77565561 1.0E-06 CCAATAAAAT 10 SOX9_HMG_full_dimeric_17_1 SELEX - 77568685 77568701 4.0E-06 CAACAATTTTAGGTTTC 17 Meox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 77567938 77567945 9.0E-06 TTAATTAA 8 Meox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 77567938 77567945 9.0E-06 TTAATTAA 8 Meox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 77568707 77568714 9.0E-06 TTAATTAA 8 Meox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 77568707 77568714 9.0E-06 TTAATTAA 8 FOXJ2_forkhead_DBD_dimeric_14_1 SELEX + 77568485 77568498 5.0E-06 GCTAACAGAAAACA 14 V_FOXP1_01_M00987 TRANSFAC - 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