Search TFs or Genes

Construction and Validation

Optimal Promoter Size

Download

Citation and Contact

CLMN Entrez Description Chrom. Strand Promoter (Start - Stop) TSS 79789 calmin (calponin-like, transmembrane) chr14 - 95785745 - 95791245 95786245 Transcription Factor Binding Sites   Download all TFBS in the CLMN promoter   Motif Source Strand Start Stop PValue Match Sequence Overlap w/ Footprints FOXJ2_forkhead_DBD_dimeric_13_1 SELEX - 95789300 95789312 2.0E-06 GTAAACAATGACA 13 FOXG1_forkhead_DBD_dimeric_17_1 SELEX - 95789306 95789322 2.0E-06 GAAATCGGTTGTAAACA 17 IRF8_IRF_full_dimeric_14_1 SELEX + 95785269 95785282 9.0E-06 TTGAAAGAGAAACA 14 IRF8_IRF_full_dimeric_14_1 SELEX - 95785329 95785342 5.0E-06 GTGAAAGAGAAACT 14 FOXO3_MA0157.1 JASPAR - 95789306 95789313 7.0E-06 TGTAAACA 8 Lhx8_homeodomain_DBD_dimeric_12_1 SELEX + 95788718 95788729 4.0E-06 TAAGTACAATCA 12 Lhx8_homeodomain_DBD_dimeric_12_1 SELEX - 95788718 95788729 5.0E-06 TGATTGTACTTA 12 TBP_MA0108.2 JASPAR - 95781260 95781274 4.0E-06 ATATAAAAACCCAAA 15 STAT1_MA0137.2 JASPAR - 95786926 95786940 7.0E-06 TCCTTCCTAGAAGCT 15 FOXO1_forkhead_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 95789305 95789312 7.0E-06 GTAAACAA 8 EGR1_C2H2_full_monomeric_14_1 SELEX - 95786392 95786405 5.0E-06 CCCGCCCCCGCACG 14 FOXJ3_forkhead_DBD_dimeric_14_1 SELEX - 95789299 95789312 3.0E-06 GTAAACAATGACAA 14 RELA_MA0107.1 JASPAR + 95789247 95789256 5.0E-06 GGGAGTTTCC 10 MNT_bHLH_DBD_dimeric_10_1 SELEX + 95789027 95789036 4.0E-06 AGCACGTGCT 10 MNT_bHLH_DBD_dimeric_10_1 SELEX - 95789027 95789036 4.0E-06 AGCACGTGCT 10 SP1_MA0079.2 JASPAR - 95786397 95786406 7.0E-06 CCCCGCCCCC 10 SRY_MA0084.1 JASPAR - 95789304 95789312 3.0E-06 GTAAACAAT 9 Egr3_C2H2_DBD_monomeric_15_1 SELEX - 95786391 95786405 9.0E-06 CCCGCCCCCGCACGG 15 SOX7_HMG_full_dimeric_16_1 SELEX - 95789294 95789309 1.0E-05 AACAATGACAAGGATT 16 Stat3_MA0144.1 JASPAR + 95786929 95786938 7.0E-06 TTCTAGGAAG 10 FOXC2_forkhead_DBD_dimeric_14_1 SELEX + 95789300 95789313 6.0E-06 TGTCATTGTTTACA 14 FOXC2_forkhead_DBD_dimeric_14_1 SELEX - 95789300 95789313 2.0E-06 TGTAAACAATGACA 14 LHX6_homeodomain_full_dimeric_12_1 SELEX - 95788718 95788729 3.0E-06 TGATTGTACTTA 12 ZNF410_C2H2_DBD_monomeric_17_1 SELEX + 95788723 95788739 2.0E-06 ACAATCACATAATATTC 17 GLIS3_C2H2_DBD_monomeric_14_1 SELEX + 95785354 95785367 1.0E-05 TACCTCCCAGGTAG 14 FOXB1_forkhead_full_monomeric_9_1 SELEX - 95789305 95789313 2.0E-06 TGTAAACAA 9 FOXO3_forkhead_full_monomeric_8_1 SELEX - 95789305 95789312 7.0E-06 GTAAACAA 8 Sox3_HMG_DBD_dimeric_17_1 SELEX - 95789294 95789310 7.0E-06 AAACAATGACAAGGATT 17 FOXC1_forkhead_DBD_dimeric_13_1 SELEX - 95786485 95786497 5.0E-06 AAGAAAAAAAACA 13 RREB1_MA0073.1 JASPAR + 95785565 95785584 1.0E-06 CCCCAACTCACCCCCTGAAG 20 FOXJ2_forkhead_DBD_dimeric_14_1 SELEX - 95789299 95789312 2.0E-06 GTAAACAATGACAA 14 V_FOXP1_01_M00987 TRANSFAC + 95781251 95781270 3.0E-06 TTGGTTTTCTTTGGGTTTTT 20 V_FOXP1_01_M00987 TRANSFAC + 95786478 95786497 9.0E-06 CAGCTTGTGTTTTTTTTCTT 20 V_NFKAPPAB65_01_M00052 TRANSFAC + 95789247 95789256 7.0E-06 GGGAGTTTCC 10 V_TCF3_01_M01594 TRANSFAC + 95789187 95789199 6.0E-06 TTTTTCTTTTGCA 13 V_NFKB_Q6_01_M00774 TRANSFAC - 95789246 95789261 2.0E-06 TTTCTGGAAACTCCCA 16 V_BCL6_Q3_01_M02085 TRANSFAC - 95786929 95786938 2.0E-06 CTTCCTAGAA 10 V_POU3F3_01_M03090 TRANSFAC + 95789001 95789017 8.0E-06 AAAGTTTGCATATGTGC 17 V_FOXO3_02_M02270 TRANSFAC - 95789306 95789313 7.0E-06 TGTAAACA 8 V_FOXA2_04_M02749 TRANSFAC - 95789301 95789317 7.0E-06 CGGTTGTAAACAATGAC 17 V_ARNT_02_M00539 TRANSFAC + 95789022 95789041 9.0E-06 GGCAAAGCACGTGCTTTTGG 20 V_ARNT_02_M00539 TRANSFAC - 95789022 95789041 9.0E-06 CCAAAAGCACGTGCTTTGCC 20 V_IK_Q5_M01169 TRANSFAC - 95789888 95789897 6.0E-06 TTTGGGAGAG 10 V_MEF2_02_M00231 TRANSFAC + 95781260 95781281 1.0E-05 TTTGGGTTTTTATATAGAAACC 22 V_OCTAMER_01_M01324 TRANSFAC + 95789001 95789017 8.0E-06 AAAGTTTGCATATGTGC 17 V_IRF_Q6_01_M00972 TRANSFAC + 95785271 95785281 3.0E-06 GAAAGAGAAAC 11 V_IRF_Q6_01_M00972 TRANSFAC - 95785330 95785340 3.0E-06 GAAAGAGAAAC 11 V_IRF2_Q6_M01882 TRANSFAC + 95785269 95785284 3.0E-06 TTGAAAGAGAAACACA 16 V_IRF2_Q6_M01882 TRANSFAC - 95785327 95785342 4.0E-06 GTGAAAGAGAAACTCC 16 V_CEBP_C_M00201 TRANSFAC - 95789271 95789288 8.0E-06 AGAATTGGGCAATTTCTA 18 V_GATA1_03_M00127 TRANSFAC - 95786071 95786084 8.0E-06 GGGCAGATTAGCGA 14 V_ARNT_01_M00236 TRANSFAC - 95789024 95789039 9.0E-06 AAAAGCACGTGCTTTG 16 V_EAR2_Q2_M01728 TRANSFAC + 95789851 95789864 5.0E-06 CAATCTTTGTCCTG 14 V_SP1_03_M02281 TRANSFAC - 95786397 95786406 7.0E-06 CCCCGCCCCC 10 V_SP1_02_M01303 TRANSFAC + 95786286 95786296 3.0E-06 GGGGCGGGGAG 11 V_SP1_02_M01303 TRANSFAC + 95786398 95786408 8.0E-06 GGGGCGGGGGC 11 V_LYF1_01_M00141 TRANSFAC - 95789889 95789897 3.0E-06 TTTGGGAGA 9 V_CMYC_02_M01154 TRANSFAC + 95789026 95789037 8.0E-06 AAGCACGTGCTT 12 V_CMYC_02_M01154 TRANSFAC - 95789026 95789037 8.0E-06 AAGCACGTGCTT 12 V_TCFAP2E_04_M02926 TRANSFAC - 95786487 95786500 8.0E-06 GGAAAGAAAAAAAA 14 V_CEBPB_01_M00109 TRANSFAC - 95789274 95789287 7.0E-06 GAATTGGGCAATTT 14 V_FOXA2_02_M02853 TRANSFAC - 95786480 95786494 1.0E-05 AAAAAAAACACAAGC 15 V_FREAC3_01_M00291 TRANSFAC - 95789302 95789317 5.0E-06 CGGTTGTAAACAATGA 16 V_MYCMAX_01_M00118 TRANSFAC + 95789025 95789038 4.0E-06 AAAGCACGTGCTTT 14 V_MYCMAX_01_M00118 TRANSFAC - 95789025 95789038 4.0E-06 AAAGCACGTGCTTT 14 V_FOXO1_02_M00474 TRANSFAC + 95789302 95789315 7.0E-06 TCATTGTTTACAAC 14 V_ARID5A_03_M02736 TRANSFAC + 95788711 95788724 8.0E-06 GTAATATTAAGTAC 14 V_CMYC_01_M01145 TRANSFAC + 95789026 95789037 5.0E-06 AAGCACGTGCTT 12 V_CMYC_01_M01145 TRANSFAC - 95789026 95789037 5.0E-06 AAGCACGTGCTT 12 V_TATA_01_M00252 TRANSFAC - 95781260 95781274 4.0E-06 ATATAAAAACCCAAA 15 V_KROX_Q6_M00982 TRANSFAC - 95785882 95785895 1.0E-05 CCCGCCCCCAAGCC 14 V_KROX_Q6_M00982 TRANSFAC - 95786392 95786405 4.0E-06 CCCGCCCCCGCACG 14 V_SP1_Q6_M00196 TRANSFAC + 95786274 95786286 7.0E-06 GCGGGGCGGGGCG 13 V_SP1_Q6_M00196 TRANSFAC + 95786279 95786291 7.0E-06 GCGGGGCGGGGCG 13 V_SP1_Q6_M00196 TRANSFAC + 95786396 95786408 9.0E-06 CGGGGGCGGGGGC 13 V_RXRA_04_M02895 TRANSFAC - 95785733 95785748 8.0E-06 TGGAGAAGTTTGTACG 16 V_MAZ_Q6_01_M02023 TRANSFAC - 95785692 95785705 1.0E-06 TAGGGAGGGGAGGA 14 V_MAZ_Q6_01_M02023 TRANSFAC + 95786285 95786298 8.0E-06 CGGGGCGGGGAGGG 14 V_OCT1_05_M00161 TRANSFAC - 95785787 95785800 7.0E-06 CGCATTTTCATTAG 14 V_EGR1_Q6_M01873 TRANSFAC + 95785954 95785963 4.0E-06 GCGGGGGCGG 10 V_EGR1_Q6_M01873 TRANSFAC + 95786395 95786404 4.0E-06 GCGGGGGCGG 10 V_IRF_Q6_M00772 TRANSFAC - 95785271 95785285 6.0E-06 GTGTGTTTCTCTTTC 15 V_IRF_Q6_M00772 TRANSFAC + 95785326 95785340 2.0E-06 TGGAGTTTCTCTTTC 15 V_EGR1_04_M02848 TRANSFAC - 95786106 95786121 6.0E-06 ACACGAGTGGGACTGG 16 V_MEF2_03_M00232 TRANSFAC + 95781260 95781281 6.0E-06 TTTGGGTTTTTATATAGAAACC 22 V_SOX18_03_M02801 TRANSFAC + 95789300 95789315 6.0E-06 TGTCATTGTTTACAAC 16 V_ISRE_01_M00258 TRANSFAC + 95785328 95785342 0.0E+00 GAGTTTCTCTTTCAC 15 V_OCT1_04_M00138 TRANSFAC - 95788997 95789019 1.0E-05 TCGCACATATGCAAACTTTTTTA 23 V_RREB1_01_M00257 TRANSFAC + 95785565 95785578 1.0E-06 CCCCAACTCACCCC 14 V_RREB1_01_M00257 TRANSFAC + 95785809 95785822 6.0E-06 CCCCACAACACACA 14 V_NKX3A_01_M00451 TRANSFAC + 95788715 95788726 6.0E-06 TATTAAGTACAA 12 V_TBP_06_M02814 TRANSFAC - 95781264 95781279 7.0E-06 TTTCTATATAAAAACC 16 V_STAT3_03_M01595 TRANSFAC + 95786927 95786942 3.0E-06 GCTTCTAGGAAGGAAC 16 V_OCT4_02_M01124 TRANSFAC + 95785263 95785277 8.0E-06 ATTCTTTTGAAAGAG 15 V_OCT4_02_M01124 TRANSFAC - 95785266 95785280 1.0E-06 TTTCTCTTTCAAAAG 15 V_ISGF4G_04_M02875 TRANSFAC - 95789179 95789192 1.0E-06 GAAAAAGAGTACTG 14 V_SP4_Q5_M01273 TRANSFAC - 95786275 95786285 2.0E-06 GCCCCGCCCCG 11 V_SP4_Q5_M01273 TRANSFAC - 95786280 95786290 2.0E-06 GCCCCGCCCCG 11 V_SP4_Q5_M01273 TRANSFAC - 95786290 95786300 7.0E-06 GCCCCTCCCCG 11 V_SP4_Q5_M01273 TRANSFAC - 95786397 95786407 5.0E-06 CCCCCGCCCCC 11 V_MTF1_06_M02882 TRANSFAC - 95786485 95786498 5.0E-06 AAAGAAAAAAAACA 14 V_GABPBETA_Q3_M01876 TRANSFAC - 95789071 95789081 1.0E-05 AGAGGAAGGGA 11 V_FAC1_01_M00456 TRANSFAC + 95785809 95785822 3.0E-06 CCCCACAACACACA 14 V_FAC1_01_M00456 TRANSFAC - 95786481 95786494 4.0E-06 AAAAAAAACACAAG 14 V_MAX_01_M00119 TRANSFAC + 95789025 95789038 1.0E-06 AAAGCACGTGCTTT 14 V_MAX_01_M00119 TRANSFAC - 95789025 95789038 1.0E-06 AAAGCACGTGCTTT 14 V_AIRE_01_M00999 TRANSFAC + 95786508 95786533 2.0E-06 TTGTAGGTTGGATTGTTTGGTTACAA 26 V_FOXO3_01_M00477 TRANSFAC + 95789302 95789315 5.0E-06 TCATTGTTTACAAC 14 V_TBX15_02_M01264 TRANSFAC - 95785337 95785354 4.0E-06 AGCTGAGAAGAGGTGAAA 18 V_ZFP281_01_M01597 TRANSFAC - 95785834 95785844 5.0E-06 AGGGGGTGGGG 11 V_MEF3_B_M00319 TRANSFAC - 95781237 95781249 7.0E-06 TGCACAGGTTTCA 5 V_EGR1_06_M02744 TRANSFAC - 95786392 95786405 1.0E-06 CCCGCCCCCGCACG 14 V_IRF1_Q6_01_M01881 TRANSFAC + 95785328 95785341 5.0E-06 GAGTTTCTCTTTCA 14 V_SRF_06_M02916 TRANSFAC - 95786482 95786498 2.0E-06 AAAGAAAAAAAACACAA 17 V_SRF_06_M02916 TRANSFAC - 95786483 95786499 1.0E-06 GAAAGAAAAAAAACACA 17 V_SRF_06_M02916 TRANSFAC - 95786484 95786500 1.0E-06 GGAAAGAAAAAAAACAC 17 V_EFC_Q6_M00626 TRANSFAC - 95785973 95785986 5.0E-06 CGACACTTGGCAAC 14 V_CREB_02_M00113 TRANSFAC + 95785773 95785784 2.0E-06 GTGGTGACGTCC 12 V_SOX12_03_M02796 TRANSFAC + 95789302 95789315 4.0E-06 TCATTGTTTACAAC 14 V_SP1_Q2_01_M00933 TRANSFAC - 95786397 95786406 4.0E-06 CCCCGCCCCC 10 V_UF1H3BETA_Q6_M01068 TRANSFAC + 95785471 95785484 6.0E-06 TGCAGGGGAGGGGC 14 V_CEBP_Q2_01_M00912 TRANSFAC + 95789276 95789287 4.0E-06 ATTGCCCAATTC 12 V_SP1_Q4_01_M00932 TRANSFAC - 95785832 95785844 6.0E-06 AGGGGGTGGGGCG 13 V_TAACC_B_M00331 TRANSFAC - 95781247 95781269 6.0E-06 AAAACCCAAAGAAAACCAAATGC 23 V_LTF_Q6_M01692 TRANSFAC - 95785923 95785931 1.0E-05 GTCACTTGC 9 V_STAT1_05_M01260 TRANSFAC + 95786926 95786947 1.0E-06 AGCTTCTAGGAAGGAACAAGAA 22 V_FOXK1_03_M02752 TRANSFAC - 95789301 95789317 2.0E-06 CGGTTGTAAACAATGAC 17 V_CEBPA_Q6_M01866 TRANSFAC - 95789275 95789287 3.0E-06 GAATTGGGCAATT 13 V_NANOG_02_M01247 TRANSFAC - 95789182 95789201 8.0E-06 AGTGCAAAAGAAAAAGAGTA 20

Need help? Please contact cplaisier(at)systemsbiology.org if you have any questions, comments or concerns. Developed at the Institute for Systems Biology in the Baliga Lab.