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MCPH1 Entrez Description Chrom. Strand Promoter (Start - Stop) TSS 79648 microcephalin 1 chr8 + 6259112 - 6264612 6264112 Transcription Factor Binding Sites   Download all TFBS in the MCPH1 promoter   Motif Source Strand Start Stop PValue Match Sequence Overlap w/ Footprints Uncx_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 6262538 6262545 4.0E-06 TTAATTAA 8 Uncx_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 6262538 6262545 4.0E-06 TTAATTAA 8 POU4F2_POU_full_monomeric_16_1 SELEX - 6262286 6262301 3.0E-06 ATAAATAAGTGATGAA 16 Foxa2_MA0047.2 JASPAR + 6262295 6262306 9.0E-06 TATTTATATAGC 12 LMX1A_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 6262538 6262545 4.0E-06 TTAATTAA 8 LMX1A_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 6262538 6262545 4.0E-06 TTAATTAA 8 HES5_bHLH_DBD_dimeric_12_1 SELEX - 6265044 6265055 8.0E-06 AGACACGTGTCC 12 POU2F1_POU_DBD_dimeric_14_1 SELEX + 6262389 6262402 1.0E-06 CATACATATGCAAC 14 POU2F1_POU_DBD_dimeric_14_1 SELEX - 6262476 6262489 5.0E-06 TATACATATCCAAA 14 ISX_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 ISX_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 RARB_nuclearreceptor_full_dimeric_16_1 SELEX - 6262502 6262517 6.0E-06 TAGGGACCAAAGTTCA 16 IRF7_IRF_DBD_dimeric_14_1 SELEX + 6262375 6262388 2.0E-06 CCTAAAATGAAACA 14 ALX3_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX + 6262537 6262546 8.0E-06 ATTAATTAAA 10 ALX3_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX - 6262537 6262546 5.0E-06 TTTAATTAAT 10 BARX1_homeodomain_DBD_dimeric_17_1 SELEX - 6262445 6262461 6.0E-06 TTATTAAAAAGTTATTT 17 BARX1_homeodomain_DBD_dimeric_17_1 SELEX - 6262448 6262464 9.0E-06 CATTTATTAAAAAGTTA 17 EMX2_homeodomain_DBD_dimeric_14_1 SELEX + 6262535 6262548 5.0E-06 AAATTAATTAAAAG 14 Arx_homeodomain_DBD_dimeric_13_1 SELEX + 6262533 6262545 5.0E-06 AAAAATTAATTAA 13 FOXC2_forkhead_DBD_monomeric_12_1 SELEX - 6262293 6262304 5.0E-06 TATATAAATAAG 12 RFX4_RFX_DBD_dimeric_16_1 SELEX + 6268781 6268796 7.0E-06 TGTTACCGTGGTGACA 16 RFX4_RFX_DBD_dimeric_16_1 SELEX - 6268781 6268796 9.0E-06 TGTCACCACGGTAACA 16 POU5F1P1_POU_DBD_monomeric_9_1 SELEX + 6264752 6264760 4.0E-06 TATGCTAAT 9 Shox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 Shox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 HEY2_bHLH_full_dimeric_10_1 SELEX + 6265045 6265054 3.0E-06 GACACGTGTC 10 HEY2_bHLH_full_dimeric_10_1 SELEX - 6265045 6265054 3.0E-06 GACACGTGTC 10 ESX1_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX + 6262537 6262546 3.0E-06 ATTAATTAAA 10 FOXC1_forkhead_DBD_monomeric_11_1 SELEX - 6262294 6262304 1.0E-06 TATATAAATAA 11 POU2F3_POU_DBD_monomeric_9_1 SELEX + 6264752 6264760 3.0E-06 TATGCTAAT 9 Alx1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 6262537 6262546 6.0E-06 ATTAATTAAA 10 Alx1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 6262537 6262546 4.0E-06 TTTAATTAAT 10 Alx1_homeodomain_DBD_dimeric_13_1 SELEX + 6262533 6262545 8.0E-06 AAAAATTAATTAA 13 NKX6-2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 NKX6-2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 PRRX2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 PRRX2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 POU2F2_POU_DBD_monomeric_11_1 SELEX + 6264751 6264761 4.0E-06 CTATGCTAATT 11 ISX_homeodomain_DBD_dimeric_13_1 SELEX + 6262533 6262545 5.0E-06 AAAAATTAATTAA 13 POU3F4_POU_DBD_monomeric_9_1 SELEX + 6264752 6264760 3.0E-06 TATGCTAAT 9 Pou2f2_POU_DBD_monomeric_9_1 SELEX + 6264752 6264760 3.0E-06 TATGCTAAT 9 LMX1B_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 LMX1B_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 HOXA1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 6262537 6262546 1.0E-06 ATTAATTAAA 10 NR2F1_MA0017.1 JASPAR + 6262502 6262515 2.0E-06 TGAACTTTGGTCCC 14 HOXB5_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 6262537 6262546 1.0E-06 ATTAATTAAA 10 HOXB5_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 6262537 6262546 6.0E-06 TTTAATTAAT 10 GBX2_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX - 6264755 6264764 1.0E-05 AACAATTAGC 10 POU4F3_POU_DBD_monomeric_16_1 SELEX - 6262286 6262301 2.0E-06 ATAAATAAGTGATGAA 16 POU4F3_POU_DBD_monomeric_16_1 SELEX + 6262454 6262469 5.0E-06 TTTAATAAATGATGCT 16 PROP1_homeodomain_full_dimeric_11_1 SELEX + 6262534 6262544 6.0E-06 AAAATTAATTA 11 Rfx3_RFX_DBD_dimeric_16_1 SELEX + 6268781 6268796 7.0E-06 TGTTACCGTGGTGACA 16 POU3F3_POU_DBD_monomeric_13_1 SELEX + 6264750 6264762 8.0E-06 TCTATGCTAATTG 13 Sox17_HMG_DBD_dimeric_15_2 SELEX + 6262381 6262395 8.0E-06 ATGAAACACATACAT 15 MEF2A_MA0052.1 JASPAR + 6262294 6262303 1.0E-05 TTATTTATAT 10 ALX3_homeodomain_full_dimeric_13_1 SELEX + 6262533 6262545 8.0E-06 AAAAATTAATTAA 13 PAX3_PAX_DBD_dimeric_10_1 SELEX + 6262535 6262544 2.0E-06 AAATTAATTA 10 PAX3_PAX_DBD_dimeric_10_1 SELEX - 6262535 6262544 3.0E-06 TAATTAATTT 10 NR2E1_nuclearreceptor_full_dimeric_14_1 SELEX - 6262282 6262295 8.0E-06 AAGTGATGAAATCA 14 HOXB2_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 6262537 6262546 5.0E-06 ATTAATTAAA 10 HOXD8_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 6262537 6262546 7.0E-06 ATTAATTAAA 10 SHOX_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 SHOX_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 Pou2f2_POU_DBD_dimeric_14_1 SELEX + 6262389 6262402 8.0E-06 CATACATATGCAAC 14 PRRX1_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 PRRX1_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 POU2F3_POU_DBD_dimeric_12_1 SELEX + 6262390 6262401 1.0E-06 ATACATATGCAA 12 POU2F3_POU_DBD_dimeric_12_1 SELEX - 6262390 6262401 3.0E-06 TTGCATATGTAT 12 FOXI1_MA0042.1 JASPAR + 6262292 6262303 6.0E-06 ACTTATTTATAT 12 HNF4A_nuclearreceptor_full_dimeric_16_1 SELEX - 6262500 6262515 1.0E-06 GGGACCAAAGTTCATT 16 SOX14_HMG_DBD_dimeric_13_1 SELEX + 6262241 6262253 7.0E-06 AAAATAACCTTGA 13 DRGX_homeodomain_DBD_dimeric_13_1 SELEX + 6262533 6262545 7.0E-06 AAAAATTAATTAA 13 BARHL2_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX + 6262457 6262466 9.0E-06 AATAAATGAT 10 Alx4_homeodomain_DBD_dimeric_13_1 SELEX + 6262533 6262545 5.0E-06 AAAAATTAATTAA 13 HEY1_bHLH_DBD_dimeric_10_1 SELEX - 6265045 6265054 3.0E-06 GACACGTGTC 10 NOTO_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 6262537 6262546 9.0E-06 ATTAATTAAA 10 ESRRG_nuclearreceptor_full_monomeric_10_1 SELEX - 6262244 6262253 1.0E-05 TCAAGGTTAT 10 MIXL1_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX + 6262537 6262546 0.0E+00 ATTAATTAAA 10 MIXL1_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX - 6262537 6262546 3.0E-06 TTTAATTAAT 10 Vsx1_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 Vsx1_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 Lhx3_MA0135.1 JASPAR - 6262532 6262544 0.0E+00 TAATTAATTTTTG 13 Lhx3_MA0135.1 JASPAR + 6262535 6262547 0.0E+00 AAATTAATTAAAA 13 HNF4A_nuclearreceptor_full_dimeric_15_1 SELEX - 6262501 6262515 1.0E-06 GGGACCAAAGTTCAT 15 MZF1_5-13_MA0057.1 JASPAR - 6264593 6264602 1.0E-06 GTAGGGGGAA 10 HESX1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 6262537 6262546 9.0E-06 TTTAATTAAT 10 GSX2_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 6262537 6262546 1.0E-06 ATTAATTAAA 10 RFX2_RFX_DBD_dimeric_16_1 SELEX + 6268781 6268796 8.0E-06 TGTTACCGTGGTGACA 16 POU1F1_POU_DBD_monomeric_17_1 SELEX - 6262288 6262304 8.0E-06 TATATAAATAAGTGATG 17 RFX5_RFX_DBD_dimeric_16_3 SELEX + 6268781 6268796 9.0E-06 TGTTACCGTGGTGACA 16 RFX5_RFX_DBD_dimeric_16_3 SELEX - 6268781 6268796 1.0E-05 TGTCACCACGGTAACA 16 CART1_homeodomain_DBD_dimeric_13_1 SELEX + 6262533 6262545 2.0E-06 AAAAATTAATTAA 13 Uncx_homeodomain_DBD_dimeric_13_1 SELEX + 6262533 6262545 5.0E-06 AAAAATTAATTAA 13 Hoxd3_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 6262537 6262546 8.0E-06 ATTAATTAAA 10 Esrra_nuclearreceptor_DBD_monomeric_11_1 SELEX - 6262244 6262254 3.0E-06 TTCAAGGTTAT 11 HOXB3_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 6262537 6262546 3.0E-06 ATTAATTAAA 10 Evi1_MA0029.1 JASPAR - 6268811 6268824 3.0E-06 CTTATAAGATAAAA 14 ZNF282_C2H2_DBD_monomeric_17_1 SELEX + 6264591 6264607 6.0E-06 CTTTCCCCCTACCTGCT 17 POU5F1P1_POU_DBD_monomeric_12_1 SELEX + 6262390 6262401 1.0E-06 ATACATATGCAA 12 POU5F1P1_POU_DBD_monomeric_12_1 SELEX - 6262390 6262401 2.0E-06 TTGCATATGTAT 12 HNF4A_MA0114.1 JASPAR - 6262502 6262514 1.0E-06 GGACCAAAGTTCA 13 ELF5_ETS_full_monomeric_11_1 SELEX - 6264217 6264227 6.0E-06 AGCAGGAAGTA 11 POU2F1_POU_DBD_monomeric_12_1 SELEX + 6264750 6264761 4.0E-06 TCTATGCTAATT 12 LBX2_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 6262537 6262546 6.0E-06 ATTAATTAAA 10 HNF4A_nuclearreceptor_full_dimeric_14_1 SELEX - 6262502 6262515 3.0E-06 GGGACCAAAGTTCA 14 PHOX2A_homeodomain_DBD_dimeric_11_1 SELEX + 6262534 6262544 5.0E-06 AAAATTAATTA 11 GSX1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 6262537 6262546 2.0E-06 ATTAATTAAA 10 RAXL1_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 RAXL1_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 EMX1_homeodomain_DBD_dimeric_14_1 SELEX + 6262535 6262548 9.0E-06 AAATTAATTAAAAG 14 POU3F3_POU_DBD_dimeric_12_1 SELEX + 6262390 6262401 4.0E-06 ATACATATGCAA 12 POU3F3_POU_DBD_dimeric_12_1 SELEX - 6262390 6262401 9.0E-06 TTGCATATGTAT 12 POU3F3_POU_DBD_dimeric_12_1 SELEX + 6262534 6262545 1.0E-05 AAAATTAATTAA 12 NRF1_NRF_full_dimeric_12_1 SELEX + 6264110 6264121 9.0E-06 CGCGCATGCCCA 12 POU3F2_POU_DBD_monomeric_12_1 SELEX + 6264751 6264762 8.0E-06 CTATGCTAATTG 12 MSX1_homeodomain_DBD_dimeric_18_1 SELEX - 6262445 6262462 8.0E-06 TTTATTAAAAAGTTATTT 18 MNX1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 6262537 6262546 1.0E-06 ATTAATTAAA 10 FOXB1_forkhead_DBD_monomeric_11_1 SELEX - 6262294 6262304 1.0E-06 TATATAAATAA 11 RARA_nuclearreceptor_full_dimeric_15_1 SELEX - 6262502 6262516 5.0E-06 AGGGACCAAAGTTCA 15 POU4F1_POU_DBD_monomeric_14_1 SELEX - 6262288 6262301 6.0E-06 ATAAATAAGTGATG 14 POU4F1_POU_DBD_monomeric_14_1 SELEX + 6262454 6262467 4.0E-06 TTTAATAAATGATG 14 PAX7_PAX_full_dimeric_10_1 SELEX + 6262535 6262544 2.0E-06 AAATTAATTA 10 PAX7_PAX_full_dimeric_10_1 SELEX - 6262535 6262544 4.0E-06 TAATTAATTT 10 Lhx4_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 6262538 6262545 4.0E-06 TTAATTAA 8 Lhx4_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 6262538 6262545 4.0E-06 TTAATTAA 8 Meox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 Meox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 6262538 6262545 9.0E-06 TTAATTAA 8 V_FOXP1_01_M00987 TRANSFAC - 6262241 6262260 2.0E-06 TTATTTTTCAAGGTTATTTT 20 V_FOXP1_01_M00987 TRANSFAC - 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