Search TFs or Genes

Construction and Validation

Optimal Promoter Size

Download

Citation and Contact

SLC13A1 Entrez Description Chrom. Strand Promoter (Start - Stop) TSS 6561 solute carrier family 13 (sodium/sulfate symporters), member 1 chr7 - 122839525 - 122845025 122840025 Transcription Factor Binding Sites   Download all TFBS in the SLC13A1 promoter   Motif Source Strand Start Stop PValue Match Sequence Overlap w/ Footprints Uncx_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 122842269 122842276 4.0E-06 TTAATTAA 8 Uncx_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 122842269 122842276 4.0E-06 TTAATTAA 8 LBX2_homeodomain_DBD_dimeric_13_1 SELEX - 122842080 122842092 1.0E-05 ATGGAGCTAGTTA 13 FOXO4_forkhead_DBD_dimeric_14_1 SELEX + 122842276 122842289 0.0E+00 AAAAACATGTTTAC 14 FOXO4_forkhead_DBD_dimeric_14_1 SELEX - 122842276 122842289 0.0E+00 GTAAACATGTTTTT 14 LMX1A_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 122842269 122842276 4.0E-06 TTAATTAA 8 LMX1A_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 122842269 122842276 4.0E-06 TTAATTAA 8 POU2F1_POU_DBD_dimeric_14_1 SELEX + 122842204 122842217 7.0E-06 ATTACATAATCATG 14 POU2F1_POU_DBD_dimeric_14_1 SELEX - 122842204 122842217 7.0E-06 CATGATTATGTAAT 14 ISX_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 ISX_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 ALX3_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX + 122842268 122842277 4.0E-06 CTTAATTAAA 10 ALX3_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX - 122842268 122842277 6.0E-06 TTTAATTAAG 10 TEF_bZIP_DBD_dimeric_12_1 SELEX + 122842203 122842214 1.0E-06 CATTACATAATC 12 TEF_bZIP_DBD_dimeric_12_1 SELEX - 122842203 122842214 7.0E-06 GATTATGTAATG 12 Shox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 Shox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 FOXD1_MA0031.1 JASPAR - 122842282 122842289 7.0E-06 GTAAACAT 8 GRHL1_CP2_full_dimeric_12_1 SELEX + 122842277 122842288 6.0E-06 AAAACATGTTTA 12 HLF_bZIP_full_dimeric_12_1 SELEX + 122842203 122842214 0.0E+00 CATTACATAATC 12 Alx1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 122842268 122842277 3.0E-06 CTTAATTAAA 10 Alx1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 122842268 122842277 4.0E-06 TTTAATTAAG 10 NFIL3_MA0025.1 JASPAR - 122842202 122842212 3.0E-06 TTATGTAATGG 11 NKX6-2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 NKX6-2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 PRRX2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 PRRX2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 DBP_bZIP_full_dimeric_12_1 SELEX + 122842203 122842214 3.0E-06 CATTACATAATC 12 DBP_bZIP_full_dimeric_12_1 SELEX - 122842203 122842214 3.0E-06 GATTATGTAATG 12 LMX1B_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 LMX1B_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 Meis3_MEIS_DBD_dimeric_12_1 SELEX + 122842109 122842120 7.0E-06 TCACAGTTGTCA 12 Meis3_MEIS_DBD_dimeric_12_1 SELEX - 122842109 122842120 3.0E-06 TGACAACTGTGA 12 PROP1_homeodomain_full_dimeric_11_1 SELEX - 122842168 122842178 7.0E-06 TAACACAATTA 11 ESRRG_nuclearreceptor_full_dimeric_18_1 SELEX - 122842056 122842073 8.0E-06 GATGTGATTTGAAGGGTA 18 SHOX_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 SHOX_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 PRRX1_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 PRRX1_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 POU2F3_POU_DBD_dimeric_12_1 SELEX + 122842205 122842216 9.0E-06 TTACATAATCAT 12 POU2F3_POU_DBD_dimeric_12_1 SELEX - 122842205 122842216 3.0E-06 ATGATTATGTAA 12 PHOX2B_homeodomain_full_dimeric_11_1 SELEX - 122842168 122842178 9.0E-06 TAACACAATTA 11 MIXL1_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX + 122842268 122842277 2.0E-06 CTTAATTAAA 10 MIXL1_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX - 122842268 122842277 3.0E-06 TTTAATTAAG 10 Vsx1_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 Vsx1_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 NFIL3_bZIP_DBD_dimeric_12_1 SELEX + 122842203 122842214 0.0E+00 CATTACATAATC 12 GSX2_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 122842268 122842277 4.0E-06 CTTAATTAAA 10 POU1F1_POU_DBD_monomeric_17_1 SELEX - 122842203 122842219 2.0E-06 TTCATGATTATGTAATG 17 CART1_homeodomain_DBD_dimeric_13_1 SELEX - 122842167 122842179 6.0E-06 ATAACACAATTAT 13 POU5F1P1_POU_DBD_monomeric_12_1 SELEX - 122842205 122842216 5.0E-06 ATGATTATGTAA 12 HLF_MA0043.1 JASPAR + 122842203 122842214 2.0E-06 CATTACATAATC 12 Meis2_MEIS_DBD_dimeric_12_1 SELEX - 122842109 122842120 1.0E-05 TGACAACTGTGA 12 MEIS2_MEIS_DBD_dimeric_14_1 SELEX + 122842108 122842121 8.0E-06 GTCACAGTTGTCAA 14 PHOX2A_homeodomain_DBD_dimeric_11_1 SELEX - 122842168 122842178 9.0E-06 TAACACAATTA 11 GSX1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 122842268 122842277 4.0E-06 CTTAATTAAA 10 FOXO3_forkhead_full_dimeric_14_1 SELEX + 122842276 122842289 0.0E+00 AAAAACATGTTTAC 14 FOXO3_forkhead_full_dimeric_14_1 SELEX - 122842276 122842289 0.0E+00 GTAAACATGTTTTT 14 RAXL1_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 RAXL1_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 EMX1_homeodomain_DBD_dimeric_14_1 SELEX + 122842202 122842215 7.0E-06 CCATTACATAATCA 14 POU3F3_POU_DBD_dimeric_12_1 SELEX + 122842205 122842216 4.0E-06 TTACATAATCAT 12 POU3F3_POU_DBD_dimeric_12_1 SELEX - 122842205 122842216 3.0E-06 ATGATTATGTAA 12 FOXO6_forkhead_DBD_dimeric_14_1 SELEX + 122842276 122842289 0.0E+00 AAAAACATGTTTAC 14 FOXO6_forkhead_DBD_dimeric_14_1 SELEX - 122842276 122842289 0.0E+00 GTAAACATGTTTTT 14 HNF1A_MA0046.1 JASPAR - 122842143 122842156 7.0E-06 GGTTTATGATTTTC 14 Lhx4_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 122842269 122842276 4.0E-06 TTAATTAA 8 Lhx4_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 122842269 122842276 4.0E-06 TTAATTAA 8 FOXO1_forkhead_DBD_dimeric_14_1 SELEX + 122842276 122842289 0.0E+00 AAAAACATGTTTAC 14 FOXO1_forkhead_DBD_dimeric_14_1 SELEX - 122842276 122842289 0.0E+00 GTAAACATGTTTTT 14 Meox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 Meox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 122842269 122842276 9.0E-06 TTAATTAA 8 V_FOXP1_01_M00987 TRANSFAC + 122842167 122842186 0.0E+00 ATAATTGTGTTATGTTTTAT 20 V_PROP1_01_M01294 TRANSFAC + 122842168 122842178 7.0E-06 TAATTGTGTTA 11 V_HOXA4_01_M01370 TRANSFAC - 122842265 122842281 3.0E-06 GTTTTTTAATTAAGGGC 17 V_CART1_02_M01362 TRANSFAC + 122842265 122842281 8.0E-06 GCCCTTAATTAAAAAAC 17 V_HOXC4_01_M01369 TRANSFAC + 122842265 122842281 4.0E-06 GCCCTTAATTAAAAAAC 17 V_NKX61_03_M01489 TRANSFAC - 122842265 122842281 8.0E-06 GTTTTTTAATTAAGGGC 17 V_OCTAMER_02_M01477 TRANSFAC - 122842265 122842281 5.0E-06 GTTTTTTAATTAAGGGC 17 V_LHX3_01_M01471 TRANSFAC + 122842265 122842281 0.0E+00 GCCCTTAATTAAAAAAC 17 V_LHX3A_01_M00510 TRANSFAC - 122842269 122842278 9.0E-06 TTTTAATTAA 10 V_PSX1_01_M01435 TRANSFAC - 122842264 122842280 5.0E-06 TTTTTTAATTAAGGGCT 17 V_ALX4_02_M01417 TRANSFAC + 122842265 122842281 2.0E-06 GCCCTTAATTAAAAAAC 17 V_PAX3_B_M00327 TRANSFAC + 122842064 122842084 2.0E-06 AAATCACATCACGCTTTAACT 21 V_PAX6_02_M01391 TRANSFAC - 122842096 122842111 9.0E-06 TGACTAATTTGTCCTA 16 V_PAX6_02_M01391 TRANSFAC - 122842264 122842279 9.0E-06 TTTTTAATTAAGGGCT 16 V_CDX_Q5_M00991 TRANSFAC - 122842224 122842241 9.0E-06 AATGAACATAGTCATGAA 18 V_CART1_03_M01453 TRANSFAC + 122842265 122842281 3.0E-06 GCCCTTAATTAAAAAAC 17 V_SOX13_03_M02797 TRANSFAC - 122842239 122842254 5.0E-06 TTAAGAACAAATGAAT 16 V_DBP_Q6_01_M01872 TRANSFAC - 122842205 122842212 5.0E-06 TTATGTAA 8 V_DBX2_01_M01360 TRANSFAC - 122842266 122842281 1.0E-05 GTTTTTTAATTAAGGG 16 V_LMX1_01_M01409 TRANSFAC + 122842265 122842281 0.0E+00 GCCCTTAATTAAAAAAC 17 V_ZFP105_03_M02827 TRANSFAC + 122842268 122842282 9.0E-06 CTTAATTAAAAAACA 15 V_ZFP105_03_M02827 TRANSFAC + 122842272 122842286 4.0E-06 ATTAAAAAACATGTT 15 V_OCT1_03_M00137 TRANSFAC + 122842206 122842218 1.0E-05 TACATAATCATGA 13 V_E4BP4_01_M00045 TRANSFAC - 122842203 122842214 1.0E-06 GATTATGTAATG 12 V_ARX_01_M01423 TRANSFAC + 122842264 122842280 9.0E-06 AGCCCTTAATTAAAAAA 17 V_GFI1_01_M00250 TRANSFAC + 122842057 122842080 6.0E-06 ACCCTTCAAATCACATCACGCTTT 24 V_GFI1_01_M00250 TRANSFAC + 122842187 122842210 9.0E-06 CTAAACTGAATCACACCATTACAT 24 V_HNF1_Q6_M00790 TRANSFAC - 122842140 122842157 1.0E-06 AGGTTTATGATTTTCTGT 18 V_CEBPD_Q6_M00621 TRANSFAC + 122842203 122842214 7.0E-06 CATTACATAATC 12 V_IRX4_01_M01410 TRANSFAC - 122842274 122842290 9.0E-06 GGTAAACATGTTTTTTA 17 V_IRX4_01_M01410 TRANSFAC + 122842275 122842291 2.0E-06 AAAAAACATGTTTACCA 17 V_FOXK1_04_M02856 TRANSFAC - 122842171 122842185 6.0E-06 TAAAACATAACACAA 15 V_CDX2_01_M01449 TRANSFAC + 122842143 122842158 9.0E-06 GAAAATCATAAACCTT 16 V_HNF1_Q6_01_M01011 TRANSFAC + 122842139 122842159 0.0E+00 TACAGAAAATCATAAACCTTA 21 V_OCT1_08_M01354 TRANSFAC - 122842266 122842281 9.0E-06 GTTTTTTAATTAAGGG 16 V_UNCX4.1_01_M01458 TRANSFAC - 122842265 122842281 2.0E-06 GTTTTTTAATTAAGGGC 17 V_HBP1_03_M02762 TRANSFAC - 122842232 122842247 5.0E-06 CAAATGAATGAACATA 16 V_PIT1_01_M01465 TRANSFAC - 122842266 122842282 9.0E-06 TGTTTTTTAATTAAGGG 17 V_OTP_01_M01323 TRANSFAC + 122842264 122842280 9.0E-06 AGCCCTTAATTAAAAAA 17 V_CDC5_01_M00478 TRANSFAC - 122842176 122842187 5.0E-06 GATAAAACATAA 12 V_HB24_01_M01399 TRANSFAC + 122842267 122842281 5.0E-06 CCTTAATTAAAAAAC 15 V_ARID3A_04_M02735 TRANSFAC + 122842265 122842281 0.0E+00 GCCCTTAATTAAAAAAC 17 V_PROP1_02_M01320 TRANSFAC - 122842264 122842280 1.0E-05 TTTTTTAATTAAGGGCT 17 V_PROP1_02_M01320 TRANSFAC + 122842265 122842281 1.0E-06 GCCCTTAATTAAAAAAC 17 V_HOXA11_01_M01378 TRANSFAC + 122842143 122842158 8.0E-06 GAAAATCATAAACCTT 16 V_PMX2B_01_M01356 TRANSFAC + 122842264 122842280 5.0E-06 AGCCCTTAATTAAAAAA 17 V_IRX3_01_M01318 TRANSFAC - 122842274 122842290 4.0E-06 GGTAAACATGTTTTTTA 17 V_IRX3_01_M01318 TRANSFAC + 122842275 122842291 8.0E-06 AAAAAACATGTTTACCA 17 V_LHX3b_01_M01971 TRANSFAC - 122842269 122842278 5.0E-06 TTTTAATTAA 10 V_NKX63_01_M01470 TRANSFAC - 122842265 122842281 4.0E-06 GTTTTTTAATTAAGGGC 17 V_ARX_02_M02945 TRANSFAC + 122842264 122842280 9.0E-06 AGCCCTTAATTAAAAAA 17 V_IRX5_01_M01472 TRANSFAC - 122842274 122842290 4.0E-06 GGTAAACATGTTTTTTA 17 V_IRX5_01_M01472 TRANSFAC + 122842275 122842291 4.0E-06 AAAAAACATGTTTACCA 17 V_LIM1_01_M01418 TRANSFAC + 122842265 122842281 1.0E-06 GCCCTTAATTAAAAAAC 17 V_HOXB4_01_M01424 TRANSFAC + 122842265 122842281 2.0E-06 GCCCTTAATTAAAAAAC 17 V_VBP_01_M00228 TRANSFAC + 122842204 122842213 1.0E-06 ATTACATAAT 10 V_VBP_01_M00228 TRANSFAC - 122842204 122842213 8.0E-06 ATTATGTAAT 10 V_IRX3_02_M01485 TRANSFAC - 122842274 122842290 6.0E-06 GGTAAACATGTTTTTTA 17 V_HOXA7_02_M01336 TRANSFAC + 122842265 122842281 1.0E-06 GCCCTTAATTAAAAAAC 17 V_SHOX2_01_M01415 TRANSFAC - 122842264 122842280 1.0E-05 TTTTTTAATTAAGGGCT 17 V_SHOX2_01_M01415 TRANSFAC + 122842265 122842281 7.0E-06 GCCCTTAATTAAAAAAC 17 V_SOX15_03_M02799 TRANSFAC - 122842238 122842254 6.0E-06 TTAAGAACAAATGAATG 17 V_MTF1_06_M02882 TRANSFAC + 122842271 122842284 5.0E-06 AATTAAAAAACATG 14 V_FAC1_01_M00456 TRANSFAC - 122842170 122842183 2.0E-06 AAACATAACACAAT 14 V_CEBPA_01_M00116 TRANSFAC + 122842202 122842215 3.0E-06 CCATTACATAATCA 14 V_FOXL1_02_M02857 TRANSFAC - 122842169 122842184 5.0E-06 AAAACATAACACAATT 16 V_FOXL1_02_M02857 TRANSFAC - 122842174 122842189 4.0E-06 TAGATAAAACATAACA 16 V_GFI1B_01_M01058 TRANSFAC + 122842063 122842074 4.0E-06 CAAATCACATCA 12 V_TCF7_04_M02921 TRANSFAC + 122842268 122842282 3.0E-06 CTTAATTAAAAAACA 15 V_LMX1B_01_M01363 TRANSFAC - 122842265 122842281 1.0E-06 GTTTTTTAATTAAGGGC 17 V_ALX4_03_M02944 TRANSFAC + 122842265 122842281 2.0E-06 GCCCTTAATTAAAAAAC 17 V_PLZF_02_M01075 TRANSFAC - 122842272 122842300 2.0E-06 TGATTTTTTTGGTAAACATGTTTTTTAAT 29 V_IRX2_01_M01405 TRANSFAC - 122842274 122842290 1.0E-05 GGTAAACATGTTTTTTA 17 V_IRX2_01_M01405 TRANSFAC + 122842275 122842291 4.0E-06 AAAAAACATGTTTACCA 17 V_HOXC5_01_M01454 TRANSFAC + 122842265 122842281 9.0E-06 GCCCTTAATTAAAAAAC 17 V_SOX8_03_M02808 TRANSFAC + 122842238 122842254 9.0E-06 CATTCATTTGTTCTTAA 17 V_SRF_06_M02916 TRANSFAC - 122842176 122842192 5.0E-06 GTTTAGATAAAACATAA 17 V_FOXO1_04_M01969 TRANSFAC + 122842270 122842289 1.0E-06 TAATTAAAAAACATGTTTAC 20 V_HOXD8_01_M01432 TRANSFAC - 122842263 122842279 1.0E-06 TTTTTAATTAAGGGCTA 17 V_HLF_01_M00260 TRANSFAC + 122842204 122842213 1.0E-06 ATTACATAAT 10 V_HLF_01_M00260 TRANSFAC - 122842204 122842213 5.0E-06 ATTATGTAAT 10 V_LHX9_01_M01367 TRANSFAC + 122842265 122842281 5.0E-06 GCCCTTAATTAAAAAAC 17 V_BARHL2_01_M01446 TRANSFAC - 122842164 122842179 1.0E-05 ATAACACAATTATGAT 16 V_SOX12_03_M02796 TRANSFAC + 122842242 122842255 5.0E-06 CATTTGTTCTTAAG 14 V_PIT1_Q6_M00802 TRANSFAC - 122842204 122842221 2.0E-06 GATTCATGATTATGTAAT 18 V_LHX5_01_M01353 TRANSFAC + 122842265 122842281 1.0E-06 GCCCTTAATTAAAAAAC 17 V_CEBP_Q2_01_M00912 TRANSFAC + 122842204 122842215 1.0E-06 ATTACATAATCA 12 V_HNF1A_01_M02162 TRANSFAC - 122842143 122842156 7.0E-06 GGTTTATGATTTTC 14 V_SOX5_04_M02910 TRANSFAC - 122842266 122842280 1.0E-05 TTTTTTAATTAAGGG 15 V_IRXB3_01_M01377 TRANSFAC + 122842275 122842291 8.0E-06 AAAAAACATGTTTACCA 17 V_CEBPE_01_M01772 TRANSFAC + 122842204 122842213 7.0E-06 ATTACATAAT 10 V_CEBPE_01_M01772 TRANSFAC - 122842204 122842213 2.0E-06 ATTATGTAAT 10 V_PAX4_04_M00380 TRANSFAC + 122842100 122842129 8.0E-06 ACAAATTAGTCACAGTTGTCAAATTTCACC 30 V_PAX4_04_M00380 TRANSFAC + 122842142 122842171 8.0E-06 AGAAAATCATAAACCTTACTACATCATAAT 30 V_HOXC9_01_M01416 TRANSFAC + 122842143 122842158 9.0E-06 GAAAATCATAAACCTT 16

Need help? Please contact cplaisier(at)systemsbiology.org if you have any questions, comments or concerns. Developed at the Institute for Systems Biology in the Baliga Lab.