Search TFs or Genes

Construction and Validation

Optimal Promoter Size

Download

Citation and Contact

PRODH2 Entrez Description Chrom. Strand Promoter (Start - Stop) TSS 58510 proline dehydrogenase (oxidase) 2 chr19 - 36303701 - 36309201 36304201 Transcription Factor Binding Sites   Download all TFBS in the PRODH2 promoter   Motif Source Strand Start Stop PValue Match Sequence Overlap w/ Footprints FOXB1_forkhead_DBD_dimeric_18_1 SELEX + 36303841 36303858 7.0E-06 CAATTAATTATTAACAAA 18 POU4F2_POU_full_monomeric_16_1 SELEX - 36303840 36303855 1.0E-06 GTTAATAATTAATTGC 16 EOMES_TBX_DBD_dimeric_20_1 SELEX - 36302571 36302590 8.0E-06 ACACAGCTGCATGGGTGTGA 20 MSX2_homeodomain_DBD_dimeric_18_1 SELEX - 36303845 36303862 8.0E-06 CCCATTTGTTAATAATTA 18 DLX1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 36303843 36303852 8.0E-06 AATAATTAAT 10 BARX1_homeodomain_DBD_dimeric_17_1 SELEX - 36303845 36303861 7.0E-06 CCATTTGTTAATAATTA 17 EMX2_homeodomain_DBD_dimeric_14_1 SELEX + 36303848 36303861 3.0E-06 TTATTAACAAATGG 14 EMX2_homeodomain_DBD_dimeric_14_1 SELEX - 36303848 36303861 7.0E-06 CCATTTGTTAATAA 14 FOXG1_forkhead_DBD_dimeric_17_1 SELEX + 36303840 36303856 3.0E-06 GCAATTAATTATTAACA 17 Dlx1_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 36303844 36303851 4.0E-06 ATAATTAA 8 FOXL1_forkhead_full_dimeric_13_1 SELEX - 36303844 36303856 5.0E-06 TGTTAATAATTAA 13 HNF1B_MA0153.1 JASPAR - 36303843 36303854 0.0E+00 TTAATAATTAAT 12 HOXB5_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 36303843 36303852 5.0E-06 ATTAATTATT 10 HOXB5_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 36303843 36303852 0.0E+00 AATAATTAAT 10 POU4F3_POU_DBD_monomeric_16_1 SELEX - 36303840 36303855 0.0E+00 GTTAATAATTAATTGC 16 POU4F3_POU_DBD_monomeric_16_1 SELEX + 36303843 36303858 1.0E-06 ATTAATTATTAACAAA 16 Hoxa2_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 36303843 36303852 6.0E-06 AATAATTAAT 10 PAX3_PAX_DBD_dimeric_10_1 SELEX + 36303841 36303850 9.0E-06 CAATTAATTA 10 HNF1A_homeodomain_full_dimeric_15_1 SELEX + 36303792 36303806 4.0E-06 AGTGACTGATTAACT 15 HNF1A_homeodomain_full_dimeric_15_1 SELEX - 36303792 36303806 8.0E-06 AGTTAATCAGTCACT 15 HNF1A_homeodomain_full_dimeric_15_1 SELEX + 36303842 36303856 0.0E+00 AATTAATTATTAACA 15 HNF1A_homeodomain_full_dimeric_15_1 SELEX - 36303842 36303856 0.0E+00 TGTTAATAATTAATT 15 HOXB2_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 36303843 36303852 2.0E-06 AATAATTAAT 10 RAX_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 36303843 36303852 9.0E-06 AATAATTAAT 10 HOXD8_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 36303843 36303852 4.0E-06 AATAATTAAT 10 DLX6_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 36303844 36303851 9.0E-06 ATAATTAA 8 VAX1_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 36303844 36303851 9.0E-06 TTAATTAT 8 DLX3_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 36303844 36303851 9.0E-06 ATAATTAA 8 Msx3_homeodomain_DBD_dimeric_18_1 SELEX - 36303845 36303862 8.0E-06 CCCATTTGTTAATAATTA 18 POU1F1_POU_DBD_monomeric_17_1 SELEX - 36303842 36303858 1.0E-06 TTTGTTAATAATTAATT 17 HNF1B_homeodomain_full_dimeric_13_1 SELEX - 36303793 36303805 1.0E-05 GTTAATCAGTCAC 13 HNF1B_homeodomain_full_dimeric_13_1 SELEX + 36303843 36303855 0.0E+00 ATTAATTATTAAC 13 HNF1B_homeodomain_full_dimeric_13_1 SELEX - 36303843 36303855 0.0E+00 GTTAATAATTAAT 13 HESX1_homeodomain_DBD_dimeric_15_1 SELEX + 36303840 36303854 8.0E-06 GCAATTAATTATTAA 15 HESX1_homeodomain_DBD_dimeric_15_1 SELEX + 36303844 36303858 3.0E-06 TTAATTATTAACAAA 15 LHX9_homeodomain_DBD_dimeric_13_1 SELEX - 36303841 36303853 1.0E-05 TAATAATTAATTG 13 Hoxd3_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 36303843 36303852 3.0E-06 AATAATTAAT 10 HOXB3_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 36303843 36303852 3.0E-06 AATAATTAAT 10 POU3F1_POU_DBD_monomeric_12_2 SELEX + 36303843 36303854 1.0E-05 ATTAATTATTAA 12 EMX1_homeodomain_DBD_dimeric_14_1 SELEX + 36303848 36303861 3.0E-06 TTATTAACAAATGG 14 EMX1_homeodomain_DBD_dimeric_14_1 SELEX - 36303848 36303861 4.0E-06 CCATTTGTTAATAA 14 HNF1B_homeodomain_full_dimeric_15_1 SELEX - 36303842 36303856 0.0E+00 TGTTAATAATTAATT 15 MSX1_homeodomain_DBD_dimeric_18_1 SELEX - 36303845 36303862 4.0E-06 CCCATTTGTTAATAATTA 18 MNX1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 36303843 36303852 4.0E-06 AATAATTAAT 10 POU4F1_POU_DBD_monomeric_14_1 SELEX - 36303842 36303855 0.0E+00 GTTAATAATTAATT 14 POU4F1_POU_DBD_monomeric_14_1 SELEX + 36303843 36303856 2.0E-06 ATTAATTATTAACA 14 HNF1A_MA0046.1 JASPAR + 36303842 36303855 0.0E+00 AATTAATTATTAAC 14 HNF1A_MA0046.1 JASPAR - 36303843 36303856 0.0E+00 TGTTAATAATTAAT 14 DLX5_homeodomain_FL_monomeric_8_1 SELEX - 36303844 36303851 8.0E-06 ATAATTAA 8 V_HOXA9_01_M01351 TRANSFAC + 36303837 36303853 7.0E-06 GGGGCAATTAATTATTA 17 V_CDP_03_M01342 TRANSFAC + 36303792 36303808 6.0E-06 AGTGACTGATTAACTGG 17 V_TST1_02_M01316 TRANSFAC + 36303838 36303854 3.0E-06 GGGCAATTAATTATTAA 17 V_TST1_02_M01316 TRANSFAC - 36303841 36303857 6.0E-06 TTGTTAATAATTAATTG 17 V_MSX3_01_M01341 TRANSFAC + 36303839 36303854 7.0E-06 GGCAATTAATTATTAA 16 V_DBX1_01_M01483 TRANSFAC + 36303841 36303857 0.0E+00 CAATTAATTATTAACAA 17 V_DBX1_01_M01483 TRANSFAC - 36303841 36303857 0.0E+00 TTGTTAATAATTAATTG 17 V_DBX1_01_M01483 TRANSFAC + 36303844 36303860 2.0E-06 TTAATTATTAACAAATG 17 V_FXR_Q3_M00631 TRANSFAC + 36303785 36303798 4.0E-06 CAGGGGCAGTGACT 14 V_AR_02_M00953 TRANSFAC - 36302591 36302617 6.0E-06 GGAGGTACATCAGTGTGTTCTCAGTCA 27 V_HOXA4_01_M01370 TRANSFAC - 36303840 36303856 0.0E+00 TGTTAATAATTAATTGC 17 V_CART1_02_M01362 TRANSFAC + 36303840 36303856 5.0E-06 GCAATTAATTATTAACA 17 V_HOXC4_01_M01369 TRANSFAC + 36303840 36303856 1.0E-06 GCAATTAATTATTAACA 17 V_CUX1_03_M02958 TRANSFAC + 36303792 36303808 6.0E-06 AGTGACTGATTAACTGG 17 V_NKX61_03_M01489 TRANSFAC - 36303836 36303852 2.0E-06 AATAATTAATTGCCCCC 17 V_NKX61_03_M01489 TRANSFAC + 36303839 36303855 2.0E-06 GGCAATTAATTATTAAC 17 V_NKX61_03_M01489 TRANSFAC - 36303840 36303856 1.0E-06 TGTTAATAATTAATTGC 17 V_HOXC6_01_M01406 TRANSFAC + 36303840 36303856 1.0E-06 GCAATTAATTATTAACA 17 V_OCTAMER_02_M01477 TRANSFAC + 36303839 36303855 2.0E-06 GGCAATTAATTATTAAC 17 V_OCTAMER_02_M01477 TRANSFAC - 36303840 36303856 9.0E-06 TGTTAATAATTAATTGC 17 V_LHX3_01_M01471 TRANSFAC - 36303839 36303855 5.0E-06 GTTAATAATTAATTGCC 17 V_LHX3_01_M01471 TRANSFAC + 36303840 36303856 1.0E-06 GCAATTAATTATTAACA 17 V_PPAR_DR1_Q2_M00763 TRANSFAC - 36303861 36303873 4.0E-06 TGAACTCTGTCCC 13 V_LHX3A_01_M00510 TRANSFAC + 36303842 36303851 1.0E-06 AATTAATTAT 10 V_K2B_01_M01348 TRANSFAC - 36303839 36303855 3.0E-06 GTTAATAATTAATTGCC 17 V_SOX21_03_M02803 TRANSFAC + 36303843 36303858 9.0E-06 ATTAATTATTAACAAA 16 V_SOX21_03_M02803 TRANSFAC - 36303843 36303858 2.0E-06 TTTGTTAATAATTAAT 16 V_MYBL1_04_M02884 TRANSFAC + 36303761 36303775 4.0E-06 TCACCAACTGCCCCT 15 V_PAX6_02_M01391 TRANSFAC - 36303839 36303854 0.0E+00 TTAATAATTAATTGCC 16 V_PAX6_02_M01391 TRANSFAC + 36303841 36303856 7.0E-06 CAATTAATTATTAACA 16 V_DLX5_01_M01388 TRANSFAC + 36303837 36303852 1.0E-06 GGGGCAATTAATTATT 16 V_PAX7_01_M01339 TRANSFAC + 36303840 36303856 5.0E-06 GCAATTAATTATTAACA 17 V_VSX1_01_M01335 TRANSFAC + 36303840 36303856 2.0E-06 GCAATTAATTATTAACA 17 V_NKX62_Q2_M00489 TRANSFAC + 36303841 36303852 5.0E-06 CAATTAATTATT 12 V_NKX62_Q2_M00489 TRANSFAC - 36303843 36303854 5.0E-06 TTAATAATTAAT 12 V_HNF1_C_M00206 TRANSFAC + 36303842 36303858 6.0E-06 AATTAATTATTAACAAA 17 V_SOX13_03_M02797 TRANSFAC - 36303842 36303857 8.0E-06 TTGTTAATAATTAATT 16 V_FOXA2_02_M02853 TRANSFAC + 36303847 36303861 3.0E-06 ATTATTAACAAATGG 15 V_EN1_02_M01365 TRANSFAC + 36303839 36303854 1.0E-06 GGCAATTAATTATTAA 16 V_DBX2_01_M01360 TRANSFAC + 36303839 36303854 0.0E+00 GGCAATTAATTATTAA 16 V_DBX2_01_M01360 TRANSFAC - 36303841 36303856 0.0E+00 TGTTAATAATTAATTG 16 V_LMX1_01_M01409 TRANSFAC + 36303840 36303856 1.0E-06 GCAATTAATTATTAACA 17 V_PR_01_M00954 TRANSFAC - 36302591 36302617 1.0E-06 GGAGGTACATCAGTGTGTTCTCAGTCA 27 V_ZFP105_03_M02827 TRANSFAC + 36303846 36303860 8.0E-06 AATTATTAACAAATG 15 V_HNF1_Q6_M00790 TRANSFAC - 36303840 36303857 0.0E+00 TTGTTAATAATTAATTGC 18 V_HNF1_Q6_M00790 TRANSFAC + 36303841 36303858 0.0E+00 CAATTAATTATTAACAAA 18 V_PXRRXR_02_M01153 TRANSFAC + 36303866 36303873 1.0E-05 AGAGTTCA 8 V_HNF1B_04_M02266 TRANSFAC - 36303843 36303854 0.0E+00 TTAATAATTAAT 12 V_CDX2_01_M01449 TRANSFAC + 36303836 36303851 9.0E-06 GGGGGCAATTAATTAT 16 V_PMX2A_01_M01444 TRANSFAC + 36303839 36303854 1.0E-06 GGCAATTAATTATTAA 16 V_PMX2A_01_M01444 TRANSFAC - 36303841 36303856 8.0E-06 TGTTAATAATTAATTG 16 V_CDX2_Q5_M00729 TRANSFAC - 36303839 36303852 9.0E-06 AATAATTAATTGCC 14 V_HNF1_Q6_01_M01011 TRANSFAC + 36303839 36303859 0.0E+00 GGCAATTAATTATTAACAAAT 21 V_HNF1_Q6_01_M01011 TRANSFAC - 36303839 36303859 1.0E-06 ATTTGTTAATAATTAATTGCC 21 V_SOX18_03_M02801 TRANSFAC + 36303843 36303858 5.0E-06 ATTAATTATTAACAAA 16 V_NKX52_01_M01315 TRANSFAC + 36303836 36303852 3.0E-06 GGGGGCAATTAATTATT 17 V_OCT1_08_M01354 TRANSFAC + 36303839 36303854 8.0E-06 GGCAATTAATTATTAA 16 V_OCT1_08_M01354 TRANSFAC - 36303841 36303856 1.0E-06 TGTTAATAATTAATTG 16 V_PIT1_01_M01465 TRANSFAC - 36303837 36303853 1.0E-05 TAATAATTAATTGCCCC 17 V_PIT1_01_M01465 TRANSFAC + 36303838 36303854 3.0E-06 GGGCAATTAATTATTAA 17 V_HMX1_02_M01481 TRANSFAC + 36303836 36303852 1.0E-06 GGGGGCAATTAATTATT 17 V_OTP_01_M01323 TRANSFAC + 36303839 36303855 1.0E-05 GGCAATTAATTATTAAC 17 V_OTP_01_M01323 TRANSFAC - 36303840 36303856 6.0E-06 TGTTAATAATTAATTGC 17 V_BBX_04_M02843 TRANSFAC - 36303844 36303860 5.0E-06 CATTTGTTAATAATTAA 17 V_BBX_04_M02843 TRANSFAC + 36303845 36303861 3.0E-06 TAATTATTAACAAATGG 17 V_NCX_02_M01420 TRANSFAC + 36303837 36303853 5.0E-06 GGGGCAATTAATTATTA 17 V_NCX_02_M01420 TRANSFAC - 36303838 36303854 6.0E-06 TTAATAATTAATTGCCC 17 V_NCX_02_M01420 TRANSFAC + 36303841 36303857 0.0E+00 CAATTAATTATTAACAA 17 V_NCX_02_M01420 TRANSFAC - 36303841 36303857 7.0E-06 TTGTTAATAATTAATTG 17 V_NCX_02_M01420 TRANSFAC + 36303844 36303860 7.0E-06 TTAATTATTAACAAATG 17 V_NCX_02_M01420 TRANSFAC - 36303845 36303861 8.0E-06 CCATTTGTTAATAATTA 17 V_HB24_01_M01399 TRANSFAC - 36303839 36303853 0.0E+00 TAATAATTAATTGCC 15 V_HNF4_DR1_Q3_M00764 TRANSFAC - 36303861 36303873 6.0E-06 TGAACTCTGTCCC 13 V_ARID3A_04_M02735 TRANSFAC + 36303840 36303856 1.0E-05 GCAATTAATTATTAACA 17 V_PROP1_02_M01320 TRANSFAC + 36303840 36303856 9.0E-06 GCAATTAATTATTAACA 17 V_PMX2B_01_M01356 TRANSFAC + 36303839 36303855 1.0E-06 GGCAATTAATTATTAAC 17 V_PMX2B_01_M01356 TRANSFAC - 36303840 36303856 9.0E-06 TGTTAATAATTAATTGC 17 V_LHX3b_01_M01971 TRANSFAC + 36303842 36303851 1.0E-06 AATTAATTAT 10 V_NKX63_01_M01470 TRANSFAC - 36303836 36303852 7.0E-06 AATAATTAATTGCCCCC 17 V_NKX63_01_M01470 TRANSFAC + 36303839 36303855 1.0E-06 GGCAATTAATTATTAAC 17 V_NKX63_01_M01470 TRANSFAC - 36303840 36303856 1.0E-06 TGTTAATAATTAATTGC 17 V_LIM1_01_M01418 TRANSFAC + 36303840 36303856 1.0E-06 GCAATTAATTATTAACA 17 V_HOXB4_01_M01424 TRANSFAC - 36303839 36303855 4.0E-06 GTTAATAATTAATTGCC 17 V_HOXB4_01_M01424 TRANSFAC + 36303840 36303856 2.0E-06 GCAATTAATTATTAACA 17 V_HOXB7_01_M01396 TRANSFAC - 36303839 36303854 5.0E-06 TTAATAATTAATTGCC 16 V_HOXB7_01_M01396 TRANSFAC + 36303841 36303856 4.0E-06 CAATTAATTATTAACA 16 V_HOXA7_02_M01336 TRANSFAC + 36303840 36303856 1.0E-06 GCAATTAATTATTAACA 17 V_SOX15_03_M02799 TRANSFAC - 36303841 36303857 4.0E-06 TTGTTAATAATTAATTG 17 V_BRN4_01_M01473 TRANSFAC + 36303838 36303854 2.0E-06 GGGCAATTAATTATTAA 17 V_BRN4_01_M01473 TRANSFAC - 36303841 36303857 8.0E-06 TTGTTAATAATTAATTG 17 V_BRN4_01_M01473 TRANSFAC + 36303842 36303858 7.0E-06 AATTAATTATTAACAAA 17 V_HOXB8_01_M01451 TRANSFAC + 36303836 36303851 3.0E-06 GGGGGCAATTAATTAT 16 V_HNF1_01_M00132 TRANSFAC + 36303842 36303856 0.0E+00 AATTAATTATTAACA 15 V_HNF1_01_M00132 TRANSFAC - 36303842 36303856 0.0E+00 TGTTAATAATTAATT 15 V_DR1_Q3_M00762 TRANSFAC + 36303861 36303873 6.0E-06 GGGACAGAGTTCA 13 V_NKX61_02_M01469 TRANSFAC - 36303837 36303852 0.0E+00 AATAATTAATTGCCCC 16 V_NKX61_02_M01469 TRANSFAC + 36303839 36303854 2.0E-06 GGCAATTAATTATTAA 16 V_NKX61_02_M01469 TRANSFAC - 36303841 36303856 3.0E-06 TGTTAATAATTAATTG 16 V_CDP_01_M00095 TRANSFAC - 36303843 36303854 1.0E-05 TTAATAATTAAT 12 V_TCF7_04_M02921 TRANSFAC + 36303843 36303857 5.0E-06 ATTAATTATTAACAA 15 V_MSX1_02_M01412 TRANSFAC + 36303839 36303854 0.0E+00 GGCAATTAATTATTAA 16 V_MSX1_02_M01412 TRANSFAC - 36303841 36303856 0.0E+00 TGTTAATAATTAATTG 16 V_LMX1B_01_M01363 TRANSFAC + 36303839 36303855 6.0E-06 GGCAATTAATTATTAAC 17 V_LMX1B_01_M01363 TRANSFAC - 36303840 36303856 2.0E-06 TGTTAATAATTAATTGC 17 V_BARX2_01_M01431 TRANSFAC - 36303839 36303854 3.0E-06 TTAATAATTAATTGCC 16 V_BARX2_01_M01431 TRANSFAC + 36303841 36303856 2.0E-06 CAATTAATTATTAACA 16 V_HOXC5_01_M01454 TRANSFAC + 36303840 36303856 0.0E+00 GCAATTAATTATTAACA 17 V_SOX8_03_M02808 TRANSFAC + 36303841 36303857 3.0E-06 CAATTAATTATTAACAA 17 V_HB9_01_M01349 TRANSFAC - 36303839 36303854 7.0E-06 TTAATAATTAATTGCC 16 V_HNF1A_Q5_M02013 TRANSFAC - 36303796 36303806 3.0E-06 AGTTAATCAGT 11 V_HNF1A_Q5_M02013 TRANSFAC + 36303842 36303852 8.0E-06 AATTAATTATT 11 V_HNF1A_Q5_M02013 TRANSFAC - 36303846 36303856 1.0E-06 TGTTAATAATT 11 V_HOXD8_01_M01432 TRANSFAC + 36303837 36303853 9.0E-06 GGGGCAATTAATTATTA 17 V_HOXD8_01_M01432 TRANSFAC - 36303838 36303854 0.0E+00 TTAATAATTAATTGCCC 17 V_HOXD8_01_M01432 TRANSFAC + 36303841 36303857 0.0E+00 CAATTAATTATTAACAA 17 V_HOXD8_01_M01432 TRANSFAC + 36303844 36303860 5.0E-06 TTAATTATTAACAAATG 17 V_ALX3_01_M01355 TRANSFAC - 36303839 36303855 7.0E-06 GTTAATAATTAATTGCC 17 V_LHX9_01_M01367 TRANSFAC - 36303839 36303855 2.0E-06 GTTAATAATTAATTGCC 17 V_LHX9_01_M01367 TRANSFAC + 36303840 36303856 2.0E-06 GCAATTAATTATTAACA 17 V_HOXA7_03_M01394 TRANSFAC - 36303839 36303854 1.0E-06 TTAATAATTAATTGCC 16 V_HOXA7_03_M01394 TRANSFAC + 36303841 36303856 6.0E-06 CAATTAATTATTAACA 16 V_LHX5_01_M01353 TRANSFAC - 36303839 36303855 4.0E-06 GTTAATAATTAATTGCC 17 V_LHX5_01_M01353 TRANSFAC + 36303840 36303856 3.0E-06 GCAATTAATTATTAACA 17 V_BRN3C_01_M01408 TRANSFAC + 36303839 36303854 5.0E-06 GGCAATTAATTATTAA 16 V_HMX3_02_M01413 TRANSFAC + 36303836 36303852 2.0E-06 GGGGGCAATTAATTATT 17 V_HNF1A_01_M02162 TRANSFAC + 36303842 36303855 0.0E+00 AATTAATTATTAAC 14 V_HNF1A_01_M02162 TRANSFAC - 36303843 36303856 0.0E+00 TGTTAATAATTAAT 14 V_ALX3_02_M02943 TRANSFAC - 36303839 36303855 7.0E-06 GTTAATAATTAATTGCC 17 V_COUP_DR1_Q6_M00765 TRANSFAC - 36303861 36303873 6.0E-06 TGAACTCTGTCCC 13 V_GLIS2_04_M02863 TRANSFAC + 36303847 36303860 2.0E-06 ATTATTAACAAATG 14 V_HOXC9_01_M01416 TRANSFAC + 36303836 36303851 1.0E-06 GGGGGCAATTAATTAT 16

Need help? Please contact cplaisier(at)systemsbiology.org if you have any questions, comments or concerns. Developed at the Institute for Systems Biology in the Baliga Lab.