Search TFs or Genes

Construction and Validation

Optimal Promoter Size

Download

Citation and Contact

ACN9 Entrez Description Chrom. Strand Promoter (Start - Stop) TSS 57001 ACN9 homolog (S. cerevisiae) chr7 + 96740904 - 96746404 96745904 Transcription Factor Binding Sites   Download all TFBS in the ACN9 promoter   Motif Source Strand Start Stop PValue Match Sequence Overlap w/ Footprints EOMES_TBX_DBD_dimeric_20_1 SELEX + 96741561 96741580 1.0E-06 TAACACCATGTGAAGTGCCA 20 EOMES_TBX_DBD_dimeric_20_1 SELEX - 96741561 96741580 2.0E-06 TGGCACTTCACATGGTGTTA 20 THRB_nuclearreceptor_DBD_dimeric_20_1 SELEX - 96747402 96747421 1.0E-05 TTGAACTGAATTGGGGACGC 20 Pax5_MA0014.1 JASPAR - 96747800 96747819 3.0E-06 AGCGCAATGGTGCAGGGCGA 20 SP3_C2H2_DBD_monomeric_11_1 SELEX + 96746824 96746834 1.0E-05 GCCACGCCCCT 11 SPIC_ETS_full_monomeric_14_1 SELEX + 96745788 96745801 6.0E-06 AGAAAAAGGAAGTG 14 KLF16_C2H2_DBD_monomeric_11_1 SELEX + 96746824 96746834 7.0E-06 GCCACGCCCCT 11 MEF2D_MADS_DBD_dimeric_12_1 SELEX - 96745775 96745786 6.0E-06 TCTATAAATACT 12 En1_MA0027.1 JASPAR + 96747766 96747776 5.0E-06 AAGTTGTTTCC 11 KLF14_C2H2_DBD_monomeric_14_1 SELEX + 96746823 96746836 3.0E-06 GGCCACGCCCCTCC 14 FOXL1_forkhead_full_dimeric_13_1 SELEX - 96745817 96745829 9.0E-06 TGTAAGCAATCAA 13 POU5F1P1_POU_DBD_monomeric_9_1 SELEX - 96745962 96745970 3.0E-06 TATGTAAAT 9 POU2F3_POU_DBD_monomeric_9_1 SELEX - 96745962 96745970 4.0E-06 TATGTAAAT 9 POU1F1_POU_DBD_monomeric_14_1 SELEX - 96745959 96745972 0.0E+00 AGTATGTAAATTAA 14 NFYA_MA0060.1 JASPAR - 96745904 96745919 2.0E-06 TTCAGCCAATCACAGG 16 ISL2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 96745724 96745731 1.0E-05 GCACTTAA 8 ISL2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 96747494 96747501 1.0E-05 GCACTTAA 8 POU2F2_POU_DBD_monomeric_11_1 SELEX - 96745961 96745971 2.0E-06 GTATGTAAATT 11 POU3F4_POU_DBD_monomeric_9_1 SELEX - 96745962 96745970 4.0E-06 TATGTAAAT 9 KLF13_C2H2_full_monomeric_18_1 SELEX + 96746822 96746839 1.0E-06 GGGCCACGCCCCTCCTAG 18 NKX3-2_homeodomain_DBD_monomeric_9_1 SELEX + 96745723 96745731 7.0E-06 AGCACTTAA 9 NKX3-2_homeodomain_DBD_monomeric_9_1 SELEX - 96747494 96747502 7.0E-06 AGCACTTAA 9 Pou2f2_POU_DBD_monomeric_9_1 SELEX - 96745962 96745970 5.0E-06 TATGTAAAT 9 SRF_MA0083.1 JASPAR - 96745840 96745851 7.0E-06 GCCCAAATAAGA 12 SPIB_ETS_DBD_monomeric_14_1 SELEX + 96745788 96745801 1.0E-06 AGAAAAAGGAAGTG 14 MEF2B_MADS_full_dimeric_12_1 SELEX - 96745775 96745786 7.0E-06 TCTATAAATACT 12 HMX3_homeodomain_DBD_monomeric_11_1 SELEX + 96745723 96745733 4.0E-06 AGCACTTAACA 11 HMX3_homeodomain_DBD_monomeric_11_1 SELEX - 96747492 96747502 8.0E-06 AGCACTTAACG 11 POU3F3_POU_DBD_monomeric_13_1 SELEX - 96745960 96745972 0.0E+00 AGTATGTAAATTA 13 POU3F1_POU_DBD_monomeric_12_1 SELEX - 96745960 96745971 1.0E-06 GTATGTAAATTA 12 Klf12_C2H2_DBD_monomeric_15_1 SELEX + 96746823 96746837 3.0E-06 GGCCACGCCCCTCCT 15 ELK1_MA0028.1 JASPAR - 96746947 96746956 5.0E-06 GAACCGGAAG 10 SRF_MADS_full_dimeric_16_1 SELEX - 96745869 96745884 3.0E-06 TGTGCATATAAGGCAA 16 POU2F1_POU_DBD_monomeric_12_1 SELEX - 96745961 96745972 1.0E-06 AGTATGTAAATT 12 NR3C1_MA0113.1 JASPAR + 96745851 96745868 1.0E-05 CAGGACATTATGACGTAT 18 HMX2_homeodomain_DBD_monomeric_11_1 SELEX + 96745723 96745733 5.0E-06 AGCACTTAACA 11 SPI1_ETS_full_monomeric_14_1 SELEX + 96745788 96745801 2.0E-06 AGAAAAAGGAAGTG 14 Nr2f6_nuclearreceptor_DBD_dimeric_15_1 SELEX + 96747459 96747473 3.0E-06 GAGGGTAGGAGGTCA 15 ETV6_ETS_full_dimeric_15_1 SELEX + 96745787 96745801 8.0E-06 CAGAAAAAGGAAGTG 15 NRF1_NRF_full_dimeric_12_1 SELEX + 96747001 96747012 5.0E-06 TGCGCAGGCGCA 12 NRF1_NRF_full_dimeric_12_1 SELEX - 96747001 96747012 5.0E-06 TGCGCCTGCGCA 12 POU3F2_POU_DBD_monomeric_12_1 SELEX - 96745960 96745971 1.0E-06 GTATGTAAATTA 12 RARG_nuclearreceptor_full_dimeric_16_1 SELEX - 96747417 96747432 3.0E-06 GAGCTCAAAAGTTGAA 16 HMX1_homeodomain_DBD_monomeric_11_1 SELEX + 96745723 96745733 8.0E-06 AGCACTTAACA 11 FOXJ2_forkhead_DBD_dimeric_14_1 SELEX + 96747818 96747831 5.0E-06 CTAAATATTAAACA 14 V_MYB_Q6_M00183 TRANSFAC - 96747748 96747757 9.0E-06 CTTAACTGCC 10 V_KLF15_Q2_M01714 TRANSFAC - 96746825 96746838 4.0E-06 TAGGAGGGGCGTGG 14 V_SPI1_01_M01203 TRANSFAC + 96745788 96745804 4.0E-06 AGAAAAAGGAAGTGCCC 17 V_ZSCAN4_03_M02838 TRANSFAC - 96745872 96745888 8.0E-06 ACTATGTGCATATAAGG 17 V_CDX2_Q5_01_M01659 TRANSFAC - 96745776 96745786 3.0E-06 TCTATAAATAC 11 V_GATA2_02_M00348 TRANSFAC + 96750620 96750629 9.0E-06 ATAGATAAAA 10 V_SOX30_03_M02804 TRANSFAC - 96747785 96747800 1.0E-05 AAGTAACAATGACTTG 16 V_NKX29_01_M01352 TRANSFAC - 96747491 96747507 2.0E-06 TTTTGAGCACTTAACGA 17 V_NKX29_01_M01352 TRANSFAC + 96747492 96747508 9.0E-06 CGTTAAGTGCTCAAAAA 17 V_DEAF1_02_M01002 TRANSFAC - 96746623 96746647 1.0E-05 TTAAGATCGGGCTCCTCCGGGATTC 25 V_OCT1_Q5_01_M00930 TRANSFAC + 96745960 96745970 1.0E-06 TAATTTACATA 11 V_OCT1_01_M00135 TRANSFAC - 96745957 96745975 5.0E-06 CTTAGTATGTAAATTAACT 19 V_POU2F3_01_M01476 TRANSFAC - 96745958 96745973 0.0E+00 TAGTATGTAAATTAAC 16 V_RFX4_03_M02789 TRANSFAC + 96745991 96746005 9.0E-06 CTACATAGCAACTCA 15 V_GABPA_04_M02858 TRANSFAC + 96746852 96746867 3.0E-06 CCGTTTTCCGCCCGCA 16 V_LHX3A_01_M00510 TRANSFAC + 96745957 96745966 6.0E-06 AGTTAATTTA 10 V_NFY_Q6_01_M00775 TRANSFAC - 96745908 96745920 2.0E-06 CTTCAGCCAATCA 13 V_ZFP691_03_M02833 TRANSFAC + 96747492 96747508 3.0E-06 CGTTAAGTGCTCAAAAA 17 V_NR3C1_01_M02219 TRANSFAC + 96745851 96745868 1.0E-05 CAGGACATTATGACGTAT 18 V_HOXA13_03_M01430 TRANSFAC - 96745695 96745710 7.0E-06 ATGCCTCATAAATCGT 16 V_MEF2A_Q6_M02024 TRANSFAC + 96745777 96745786 1.0E-06 TATTTATAGA 10 V_HMGA2_01_M01300 TRANSFAC - 96746019 96746033 4.0E-06 AATTTGGCCTAAAAT 15 V_NFY_C_M00209 TRANSFAC + 96745816 96745829 9.0E-06 CTTGATTGCTTACA 14 V_NFY_C_M00209 TRANSFAC + 96745906 96745919 2.0E-06 TGTGATTGGCTGAA 14 V_HNF1_Q6_M00790 TRANSFAC - 96747814 96747831 1.0E-06 TGTTTAATATTTAGCGCA 18 V_HNF1_Q6_M00790 TRANSFAC - 96750605 96750622 9.0E-06 TATTTAATCTTCAATGCT 18 V_NKX31_02_M02782 TRANSFAC - 96747490 96747506 3.0E-06 TTTGAGCACTTAACGAC 17 V_SOX7_04_M02911 TRANSFAC - 96745651 96745672 1.0E-05 GTGCAAATAAACTTTATTAGAT 22 V_E2F1_01_M01250 TRANSFAC + 96747189 96747196 1.0E-05 CGTTTCTT 8 V_AMEF2_Q6_M00403 TRANSFAC + 96741744 96741761 3.0E-06 ATTGATAAATATAGTACA 18 V_AMEF2_Q6_M00403 TRANSFAC - 96745772 96745789 1.0E-05 CTGTCTATAAATACTGCC 18 V_HNF1_Q6_01_M01011 TRANSFAC + 96747813 96747833 1.0E-06 TTGCGCTAAATATTAAACAGA 21 V_EGR1_04_M02848 TRANSFAC + 96746705 96746720 0.0E+00 AGTGGAGTGGGACTGA 16 V_ELF5_01_M01197 TRANSFAC + 96745791 96745801 6.0E-06 AAAAGGAAGTG 11 V_JUNDM2_04_M02876 TRANSFAC - 96745699 96745714 9.0E-06 ATGAATGCCTCATAAA 16 V_HBP1_03_M02762 TRANSFAC + 96746687 96746702 3.0E-06 AAGTTGAATGAAAAAG 16 V_SPIB_01_M01204 TRANSFAC + 96745788 96745804 1.0E-06 AGAAAAAGGAAGTGCCC 17 V_SRF_Q5_02_M01007 TRANSFAC + 96745835 96745853 7.0E-06 GCTAGTCTTATTTGGGCAG 19 V_SRF_03_M01304 TRANSFAC + 96746612 96746624 1.0E-05 AACCATGGAAGGA 13 V_OCT1_B_M00342 TRANSFAC + 96748028 96748037 9.0E-06 TATGAAAATA 10 V_OCT_Q6_M00795 TRANSFAC + 96745960 96745970 1.0E-06 TAATTTACATA 11 V_NKX23_01_M01457 TRANSFAC + 96747492 96747507 2.0E-06 CGTTAAGTGCTCAAAA 16 V_NKX23_01_M01457 TRANSFAC - 96747492 96747507 0.0E+00 TTTTGAGCACTTAACG 16 V_NKX32_02_M01482 TRANSFAC - 96747490 96747506 1.0E-06 TTTGAGCACTTAACGAC 17 V_GR_Q6_02_M01836 TRANSFAC + 96747306 96747318 6.0E-06 CAACCTGTTCTGT 13 V_PTF1BETA_Q6_M00657 TRANSFAC - 96747044 96747057 8.0E-06 GAGAAACGTGCCGC 14 V_CAAT_01_M00254 TRANSFAC - 96745908 96745919 1.0E-06 TTCAGCCAATCA 12 V_TBP_01_M00471 TRANSFAC - 96745777 96745784 4.0E-06 TATAAATA 8 V_NFYC_Q5_M02107 TRANSFAC - 96745904 96745917 3.0E-06 CAGCCAATCACAGG 14 V_TAL1_01_M01591 TRANSFAC + 96747220 96747232 3.0E-06 CTCCCTTCTCTTT 13 V_OCT2_01_M01368 TRANSFAC - 96745958 96745973 0.0E+00 TAGTATGTAAATTAAC 16 V_NKX3A_02_M01383 TRANSFAC - 96747491 96747507 6.0E-06 TTTTGAGCACTTAACGA 17 V_NKX3A_02_M01383 TRANSFAC + 96747492 96747508 6.0E-06 CGTTAAGTGCTCAAAAA 17 V_E2F6_01_M01252 TRANSFAC + 96747189 96747196 1.0E-05 CGTTTCTT 8 V_E2F3_03_M02743 TRANSFAC - 96746924 96746938 4.0E-06 AAGAGGGCGCGCGAC 15 V_ZFP206_01_M01742 TRANSFAC + 96747001 96747011 1.0E-06 TGCGCAGGCGC 11 V_ZFP206_01_M01742 TRANSFAC - 96747002 96747012 8.0E-06 TGCGCCTGCGC 11 V_NFY_01_M00287 TRANSFAC - 96745904 96745919 3.0E-06 TTCAGCCAATCACAGG 16 V_E2F2_03_M02742 TRANSFAC - 96746924 96746938 3.0E-06 AAGAGGGCGCGCGAC 15 V_VDR_Q6_M00961 TRANSFAC - 96745739 96745750 4.0E-06 CTCTCTGAACCT 12 V_MTATA_B_M00320 TRANSFAC - 96745771 96745787 6.0E-06 GTCTATAAATACTGCCT 17 V_SRF_01_M00152 TRANSFAC - 96745868 96745885 4.0E-06 ATGTGCATATAAGGCAAA 18 V_BBX_03_M02739 TRANSFAC + 96746687 96746701 7.0E-06 AAGTTGAATGAAAAA 15 V_BBX_03_M02739 TRANSFAC - 96746687 96746701 7.0E-06 TTTTTCATTCAACTT 15 V_OCT1_07_M00248 TRANSFAC - 96745961 96745972 1.0E-06 AGTATGTAAATT 12 V_SRF_02_M01257 TRANSFAC - 96745866 96745883 5.0E-06 GTGCATATAAGGCAAATA 18 V_RFX3_04_M02788 TRANSFAC + 96745987 96746009 7.0E-06 TTCCCTACATAGCAACTCAGAGT 23 V_CP2_01_M00072 TRANSFAC + 96745750 96745760 1.0E-06 GCTCTACCCAG 11 V_CEBP_Q2_01_M00912 TRANSFAC - 96746894 96746905 6.0E-06 CTTGCACAATCA 12 V_GATA6_04_M02757 TRANSFAC + 96750617 96750633 9.0E-06 TAAATAGATAAAACATG 17 V_NFYA_Q5_M02106 TRANSFAC - 96745904 96745917 0.0E+00 CAGCCAATCACAGG 14 V_OBOX5_01_M01381 TRANSFAC + 96750608 96750624 8.0E-06 ATTGAAGATTAAATAGA 17 V_LTF_Q6_M01692 TRANSFAC - 96747210 96747218 1.0E-05 GTCACTTGC 9 V_OBOX6_06_M03067 TRANSFAC - 96750608 96750624 8.0E-06 TCTATTTAATCTTCAAT 17 V_PAX6_01_M00097 TRANSFAC - 96750604 96750624 1.0E-05 TCTATTTAATCTTCAATGCTT 21 V_GATA1_06_M00347 TRANSFAC + 96750620 96750629 1.0E-06 ATAGATAAAA 10

Need help? Please contact cplaisier(at)systemsbiology.org if you have any questions, comments or concerns. Developed at the Institute for Systems Biology in the Baliga Lab.