Search TFs or Genes

Construction and Validation

Optimal Promoter Size

Download

Citation and Contact

ATOH1 Entrez Description Chrom. Strand Promoter (Start - Stop) TSS Motifs 474 atonal homolog 1 (Drosophila) chr4 + 94745077 - 94750577 94750077 Atoh1_bHLH_DBD_dimeric_10_1 V_MATH1_Q2_M01716 Transcription Factor Binding Sites   Download all TFBS in the ATOH1 promoter   Motif Source Strand Start Stop PValue Match Sequence Overlap w/ Footprints MESP1_bHLH_DBD_dimeric_10_1 SELEX - 94747200 94747209 2.0E-06 AACACCTGTA 10 Tp53_p53l_DBD_dimeric_18_1 SELEX + 94747201 94747218 1.0E-05 ACAGGTGTTTTGACATCC 18 BARX1_homeodomain_DBD_dimeric_17_1 SELEX - 94746984 94747000 9.0E-06 CACTTATAAAACTATCA 17 EMX2_homeodomain_DBD_dimeric_14_1 SELEX + 94749648 94749661 1.0E-05 CAATTAACATATGA 14 POU5F1P1_POU_DBD_monomeric_9_1 SELEX - 94749650 94749658 5.0E-06 TATGTTAAT 9 POU2F3_POU_DBD_monomeric_9_1 SELEX - 94749650 94749658 6.0E-06 TATGTTAAT 9 SOX8_HMG_full_dimeric_17_1 SELEX + 94752166 94752182 6.0E-06 AATGAATGACTTTGAAG 17 NFYA_MA0060.1 JASPAR - 94748636 94748651 1.0E-06 AAGAGCCAATCAGAAG 16 NFYA_MA0060.1 JASPAR - 94749755 94749770 2.0E-06 AGCAGCCAATCAAAGA 16 POU2F2_POU_DBD_monomeric_11_1 SELEX - 94749649 94749659 1.0E-06 ATATGTTAATT 11 POU3F4_POU_DBD_monomeric_9_1 SELEX - 94749650 94749658 5.0E-06 TATGTTAAT 9 RFX2_RFX_DBD_dimeric_15_1 SELEX - 94751256 94751270 1.0E-06 CGTTGCTAAACAACG 15 HMX3_homeodomain_DBD_monomeric_11_1 SELEX + 94749646 94749656 5.0E-06 TGCAATTAACA 11 POU3F3_POU_DBD_monomeric_13_1 SELEX - 94749648 94749660 6.0E-06 CATATGTTAATTG 13 Sox17_HMG_DBD_dimeric_15_2 SELEX - 94746963 94746977 5.0E-06 ATGAGACTCATTCAT 15 TCF4_bHLH_full_dimeric_10_1 SELEX - 94747200 94747209 1.0E-06 AACACCTGTA 10 FIGLA_bHLH_DBD_dimeric_10_1 SELEX - 94747200 94747209 2.0E-06 AACACCTGTA 10 RFX3_RFX_DBD_dimeric_15_1 SELEX - 94751256 94751270 3.0E-06 CGTTGCTAAACAACG 15 Egr3_C2H2_DBD_monomeric_15_1 SELEX + 94751754 94751768 1.0E-05 TCCGCGCACGCACTT 15 MAFK_bZIP_DBD_dimeric_21_1 SELEX + 94753321 94753341 7.0E-06 AAACTGCAGAACCAGCTTTTT 21 MAFK_bZIP_DBD_dimeric_21_1 SELEX - 94753321 94753341 7.0E-06 AAAAAGCTGGTTCTGCAGTTT 21 RFX4_RFX_DBD_dimeric_15_1 SELEX - 94751256 94751270 3.0E-06 CGTTGCTAAACAACG 15 TEAD3_TEA_DBD_dimeric_17_1 SELEX - 94748913 94748929 9.0E-06 GCATTCCCTGCAATCCT 17 POU3F1_POU_DBD_monomeric_12_1 SELEX - 94749648 94749659 2.0E-06 ATATGTTAATTG 12 Pou5f1_MA0142.1 JASPAR - 94749650 94749664 4.0E-06 GATTCATATGTTAAT 15 POU2F1_POU_DBD_monomeric_12_1 SELEX - 94749649 94749660 2.0E-06 CATATGTTAATT 12 LHX6_homeodomain_full_dimeric_12_1 SELEX + 94747015 94747026 7.0E-06 TGCTTGCACTTA 12 EMX1_homeodomain_DBD_dimeric_14_1 SELEX + 94749648 94749661 8.0E-06 CAATTAACATATGA 14 POU3F2_POU_DBD_monomeric_12_1 SELEX - 94749648 94749659 2.0E-06 ATATGTTAATTG 12 Foxj3_forkhead_DBD_dimeric_13_1 SELEX + 94749683 94749695 5.0E-06 GAAAAAAAAAAAA 13 Foxj3_forkhead_DBD_dimeric_13_1 SELEX + 94749684 94749696 6.0E-06 AAAAAAAAAAAAA 13 Foxj3_forkhead_DBD_dimeric_13_1 SELEX + 94749685 94749697 6.0E-06 AAAAAAAAAAAAA 13 Foxj3_forkhead_DBD_dimeric_13_1 SELEX + 94749686 94749698 6.0E-06 AAAAAAAAAAAAA 13 TCF3_bHLH_DBD_dimeric_10_1 SELEX - 94747200 94747209 1.0E-06 AACACCTGTA 10 FOXJ2_forkhead_DBD_dimeric_14_1 SELEX + 94749683 94749696 8.0E-06 GAAAAAAAAAAAAA 14 V_FOXP1_01_M00987 TRANSFAC - 94749677 94749696 6.0E-06 TTTTTTTTTTTTTCCTTCTT 20 V_HNF3B_01_M00131 TRANSFAC - 94749971 94749985 3.0E-06 CGTCTTATTTTTTTT 15 V_AP1_Q2_M00173 TRANSFAC - 94747121 94747131 3.0E-06 AATGACTCAGA 11 V_E2A_Q6_01_M02088 TRANSFAC - 94750677 94750689 6.0E-06 GGCCATCTGCAGG 13 V_CDX2_Q5_01_M01659 TRANSFAC + 94747145 94747155 1.0E-05 TTTATAAATTA 11 V_APOLYA_B_M00310 TRANSFAC - 94750002 94750016 3.0E-06 AAAAAAGGCCCTTTC 15 V_AHRARNT_01_M00235 TRANSFAC + 94749856 94749871 9.0E-06 TGAGTGGCGCGTGCCG 16 V_OBOX1_01_M01450 TRANSFAC - 94746868 94746884 5.0E-06 TTATGGGGATTACAATT 17 V_EVI1_04_M00081 TRANSFAC + 94749682 94749696 4.0E-06 GGAAAAAAAAAAAAA 15 V_EVI1_04_M00081 TRANSFAC + 94749683 94749697 8.0E-06 GAAAAAAAAAAAAAA 15 V_EVI1_04_M00081 TRANSFAC + 94749684 94749698 6.0E-06 AAAAAAAAAAAAAAA 15 V_BCL6_01_M01183 TRANSFAC - 94749680 94749695 7.0E-06 TTTTTTTTTTTTCCTT 16 V_POU5F1_02_M02245 TRANSFAC - 94749650 94749664 4.0E-06 GATTCATATGTTAAT 15 V_NFAT3_Q3_M01734 TRANSFAC - 94749681 94749690 6.0E-06 TTTTTTTCCT 10 V_OCT1_01_M00135 TRANSFAC - 94749645 94749663 3.0E-06 ATTCATATGTTAATTGCAG 19 V_GTF2IRD1_01_M01229 TRANSFAC - 94746880 94746888 3.0E-06 GGGATTATG 9 V_POU3F2_02_M00464 TRANSFAC - 94749650 94749659 1.0E-06 ATATGTTAAT 10 V_HNF3_Q6_01_M01012 TRANSFAC - 94752294 94752311 5.0E-06 TTAATTATTGACTTGAGT 18 V_AFP1_Q6_M00616 TRANSFAC + 94749974 94749984 9.0E-06 AAAAATAAGAC 11 V_AIRE_02_M01000 TRANSFAC + 94750008 94750032 3.0E-06 GCCTTTTTTTTGGTTGAGCTGGTGT 25 V_PU1_Q4_M01172 TRANSFAC - 94749676 94749694 3.0E-06 TTTTTTTTTTTCCTTCTTT 19 V_HOXD13_01_M01404 TRANSFAC - 94746986 94747001 3.0E-06 GCACTTATAAAACTAT 16 V_NFY_Q6_01_M00775 TRANSFAC - 94749793 94749805 8.0E-06 TCTCAGCCAATGG 13 V_TCFAP2E_04_M02926 TRANSFAC + 94749678 94749691 2.0E-06 AGAAGGAAAAAAAA 14 V_TCFAP2E_04_M02926 TRANSFAC + 94749679 94749692 4.0E-06 GAAGGAAAAAAAAA 14 V_TCFAP2E_04_M02926 TRANSFAC + 94749680 94749693 4.0E-06 AAGGAAAAAAAAAA 14 V_TCFAP2E_04_M02926 TRANSFAC + 94749683 94749696 3.0E-06 GAAAAAAAAAAAAA 14 V_TCFAP2E_04_M02926 TRANSFAC + 94749684 94749697 1.0E-06 AAAAAAAAAAAAAA 14 V_TCFAP2E_04_M02926 TRANSFAC + 94749685 94749698 1.0E-06 AAAAAAAAAAAAAA 14 V_TCFAP2E_04_M02926 TRANSFAC + 94749686 94749699 7.0E-06 AAAAAAAAAAAAAC 14 V_LDSPOLYA_B_M00317 TRANSFAC - 94749799 94749814 8.0E-06 CGCGTGTCTTCTCAGC 16 V_STAT4_Q4_M01666 TRANSFAC + 94752281 94752294 1.0E-06 TTCAAAGAAAAGCA 14 V_AP1_Q6_M00174 TRANSFAC - 94747121 94747131 6.0E-06 AATGACTCAGA 11 V_NFY_C_M00209 TRANSFAC + 94749757 94749770 1.0E-06 TTTGATTGGCTGCT 14 V_HNF6_Q6_M00639 TRANSFAC + 94752296 94752307 3.0E-06 TCAAGTCAATAA 12 V_ELF4_04_M02850 TRANSFAC + 94749681 94749697 4.0E-06 AGGAAAAAAAAAAAAAA 17 V_ELF4_04_M02850 TRANSFAC + 94749682 94749698 1.0E-06 GGAAAAAAAAAAAAAAA 17 V_ELF4_04_M02850 TRANSFAC + 94749683 94749699 1.0E-06 GAAAAAAAAAAAAAAAC 17 V_ELF4_04_M02850 TRANSFAC + 94749967 94749983 7.0E-06 GGGAAAAAAAAATAAGA 17 V_HELIOSA_02_M01004 TRANSFAC + 94749678 94749688 6.0E-06 AGAAGGAAAAA 11 V_TCF3_04_M02816 TRANSFAC - 94752170 94752186 7.0E-06 AATTCTTCAAAGTCATT 17 V_ZFP105_03_M02827 TRANSFAC - 94746816 94746830 5.0E-06 TATCAACAACAAATT 15 V_ZFP105_03_M02827 TRANSFAC + 94749681 94749695 6.0E-06 AGGAAAAAAAAAAAA 15 V_ZFP105_03_M02827 TRANSFAC + 94749682 94749696 4.0E-06 GGAAAAAAAAAAAAA 15 V_ZFP105_03_M02827 TRANSFAC + 94749683 94749697 1.0E-06 GAAAAAAAAAAAAAA 15 V_ZFP105_03_M02827 TRANSFAC + 94749684 94749698 0.0E+00 AAAAAAAAAAAAAAA 15 V_ZFP105_03_M02827 TRANSFAC + 94749685 94749699 2.0E-06 AAAAAAAAAAAAAAC 15 V_ZFP105_03_M02827 TRANSFAC + 94749686 94749700 9.0E-06 AAAAAAAAAAAAACC 15 V_ZFP105_03_M02827 TRANSFAC + 94749687 94749701 8.0E-06 AAAAAAAAAAAACCT 15 V_ZFP105_03_M02827 TRANSFAC + 94749970 94749984 7.0E-06 AAAAAAAAATAAGAC 15 V_ZFP105_03_M02827 TRANSFAC - 94750011 94750025 7.0E-06 CTCAACCAAAAAAAA 15 V_TEF_Q6_M00672 TRANSFAC + 94746986 94746997 4.0E-06 ATAGTTTTATAA 12 V_RFX1_01_M00280 TRANSFAC + 94751255 94751271 1.0E-05 TCGTTGTTTAGCAACGA 17 V_AP1_Q6_01_M00925 TRANSFAC - 94747122 94747130 7.0E-06 ATGACTCAG 9 V_AP1_Q4_M00188 TRANSFAC - 94747121 94747131 7.0E-06 AATGACTCAGA 11 V_ARID3A_02_M02839 TRANSFAC - 94746979 94746993 6.0E-06 AAAACTATCAGATCT 15 V_FOXK1_04_M02856 TRANSFAC - 94746817 94746831 3.0E-06 ATATCAACAACAAAT 15 V_IRF3_Q3_M01279 TRANSFAC - 94749679 94749691 6.0E-06 TTTTTTTTCCTTC 13 V_IRC900814_04_M02870 TRANSFAC - 94749663 94749678 3.0E-06 TTTTAAATTCGTCAGA 16 V_CDX2_Q5_M00729 TRANSFAC - 94749646 94749659 8.0E-06 ATATGTTAATTGCA 14 V_SOX_Q6_M01014 TRANSFAC + 94749754 94749766 9.0E-06 CTCTTTGATTGGC 13 V_HNF1_Q6_01_M01011 TRANSFAC + 94752296 94752316 0.0E+00 TCAAGTCAATAATTAAATTGT 21 V_HNF1_Q6_01_M01011 TRANSFAC - 94752296 94752316 3.0E-06 ACAATTTAATTATTGACTTGA 21 V_OBOX2_01_M01364 TRANSFAC - 94746868 94746884 4.0E-06 TTATGGGGATTACAATT 17 V_TATA_C_M00216 TRANSFAC - 94749873 94749882 6.0E-06 CCTTTAAAAA 10 V_NKX52_01_M01315 TRANSFAC + 94749643 94749659 9.0E-06 CCCTGCAATTAACATAT 17 V_OCT1_04_M00138 TRANSFAC + 94749673 94749695 3.0E-06 TTAAAAGAAGGAAAAAAAAAAAA 23 V_HBP1_03_M02762 TRANSFAC + 94746960 94746975 5.0E-06 ATAATGAATGAGTCTC 16 V_GR_Q6_M00192 TRANSFAC + 94747220 94747238 7.0E-06 ATGACACACACTGTCCTTA 19 V_AHRARNT_02_M00237 TRANSFAC - 94749802 94749820 3.0E-06 GCCGGTCGCGTGTCTTCTC 19 V_DAX1_01_M01248 TRANSFAC - 94746854 94746873 7.0E-06 ACAATTCAAGGTGAGATTTG 20 V_AP1_C_M00199 TRANSFAC - 94747122 94747130 6.0E-06 ATGACTCAG 9 V_HB24_01_M01399 TRANSFAC + 94747143 94747157 3.0E-06 CCTTTATAAATTACT 15 V_STAT4_Q5_M02117 TRANSFAC + 94752281 94752290 3.0E-06 TTCAAAGAAA 10 V_TBP_06_M02814 TRANSFAC + 94747143 94747158 2.0E-06 CCTTTATAAATTACTC 16 V_LMO2COM_01_M00277 TRANSFAC + 94746905 94746916 6.0E-06 CCCCAGGTGGAG 12 V_OCT4_02_M01124 TRANSFAC - 94749649 94749663 2.0E-06 ATTCATATGTTAATT 15 V_AP1_Q2_01_M00924 TRANSFAC - 94747118 94747129 2.0E-06 TGACTCAGAGTT 12 V_AP1_Q4_01_M00926 TRANSFAC + 94747123 94747130 1.0E-05 TGAGTCAT 8 V_CAAT_01_M00254 TRANSFAC - 94748640 94748651 9.0E-06 AAGAGCCAATCA 12 V_CAAT_01_M00254 TRANSFAC - 94749759 94749770 3.0E-06 AGCAGCCAATCA 12 V_MTF1_06_M02882 TRANSFAC + 94749684 94749697 1.0E-06 AAAAAAAAAAAAAA 14 V_MTF1_06_M02882 TRANSFAC + 94749685 94749698 1.0E-06 AAAAAAAAAAAAAA 14 V_MTF1_06_M02882 TRANSFAC + 94749686 94749699 1.0E-06 AAAAAAAAAAAAAC 14 V_MTF1_06_M02882 TRANSFAC + 94749687 94749700 6.0E-06 AAAAAAAAAAAACC 14 V_TBP_01_M00471 TRANSFAC + 94747147 94747154 8.0E-06 TATAAATT 8 V_OBOX2_02_M03064 TRANSFAC - 94746868 94746884 4.0E-06 TTATGGGGATTACAATT 17 V_FAC1_01_M00456 TRANSFAC - 94746816 94746829 7.0E-06 ATCAACAACAAATT 14 V_FAC1_01_M00456 TRANSFAC + 94749683 94749696 9.0E-06 GAAAAAAAAAAAAA 14 V_FAC1_01_M00456 TRANSFAC + 94749684 94749697 3.0E-06 AAAAAAAAAAAAAA 14 V_FAC1_01_M00456 TRANSFAC + 94749685 94749698 3.0E-06 AAAAAAAAAAAAAA 14 V_HOXB8_01_M01451 TRANSFAC + 94749643 94749658 0.0E+00 CCCTGCAATTAACATA 16 V_AREB6_02_M00413 TRANSFAC - 94747199 94747210 4.0E-06 AAACACCTGTAT 12 V_AP1FJ_Q2_M00172 TRANSFAC - 94747121 94747131 9.0E-06 AATGACTCAGA 11 V_FOXL1_02_M02857 TRANSFAC - 94746821 94746836 6.0E-06 AAATCATATCAACAAC 16 V_T3R_Q6_M00963 TRANSFAC + 94747229 94747237 3.0E-06 ACTGTCCTT 9 V_PITX1_01_M01484 TRANSFAC - 94746868 94746884 8.0E-06 TTATGGGGATTACAATT 17 V_NFY_01_M00287 TRANSFAC - 94748636 94748651 1.0E-06 AAGAGCCAATCAGAAG 16 V_NFY_01_M00287 TRANSFAC - 94749755 94749770 1.0E-06 AGCAGCCAATCAAAGA 16 V_FRA1_Q5_M01267 TRANSFAC + 94747123 94747130 1.0E-05 TGAGTCAT 8 V_FOXO3_01_M00477 TRANSFAC + 94751255 94751268 9.0E-06 TCGTTGTTTAGCAA 14 V_PITX2_Q2_M00482 TRANSFAC + 94746871 94746881 7.0E-06 TGTAATCCCCA 11 V_MEF3_B_M00319 TRANSFAC - 94749694 94749706 1.0E-06 TGCTCAGGTTTTT 13 V_OCT1_07_M00248 TRANSFAC - 94749649 94749660 1.0E-06 CATATGTTAATT 12 V_SOX14_04_M02901 TRANSFAC - 94746843 94746859 5.0E-06 GATTTGGATGGGGACAT 17 V_SRF_06_M02916 TRANSFAC + 94749678 94749694 1.0E-05 AGAAGGAAAAAAAAAAA 17 V_SRF_06_M02916 TRANSFAC + 94749679 94749695 1.0E-06 GAAGGAAAAAAAAAAAA 17 V_SRF_06_M02916 TRANSFAC + 94749680 94749696 1.0E-06 AAGGAAAAAAAAAAAAA 17 V_SRF_06_M02916 TRANSFAC + 94749681 94749697 0.0E+00 AGGAAAAAAAAAAAAAA 17 V_SRF_06_M02916 TRANSFAC + 94749682 94749698 0.0E+00 GGAAAAAAAAAAAAAAA 17 V_SRF_06_M02916 TRANSFAC + 94749683 94749699 0.0E+00 GAAAAAAAAAAAAAAAC 17 V_SRF_06_M02916 TRANSFAC + 94749684 94749700 1.0E-06 AAAAAAAAAAAAAAACC 17 V_SRF_06_M02916 TRANSFAC + 94749685 94749701 0.0E+00 AAAAAAAAAAAAAACCT 17 V_SRF_06_M02916 TRANSFAC + 94749686 94749702 1.0E-06 AAAAAAAAAAAAACCTG 17 V_SRF_06_M02916 TRANSFAC + 94749687 94749703 2.0E-06 AAAAAAAAAAAACCTGA 17 V_SRF_06_M02916 TRANSFAC + 94749967 94749983 3.0E-06 GGGAAAAAAAAATAAGA 17 V_SRF_06_M02916 TRANSFAC + 94749968 94749984 1.0E-06 GGAAAAAAAAATAAGAC 17 V_NMYC_01_M00055 TRANSFAC + 94746886 94746897 2.0E-06 CCCCACGTGTCA 12 V_MEF2_01_M00006 TRANSFAC + 94747144 94747159 8.0E-06 CTTTATAAATTACTCA 16 V_HMEF2_Q6_M00406 TRANSFAC + 94747144 94747159 1.0E-06 CTTTATAAATTACTCA 16 V_HMX3_02_M01413 TRANSFAC + 94749643 94749659 8.0E-06 CCCTGCAATTAACATAT 17 V_NFYA_Q5_M02106 TRANSFAC - 94748636 94748649 0.0E+00 GAGCCAATCAGAAG 14 V_NFYA_Q5_M02106 TRANSFAC - 94749755 94749768 1.0E-06 CAGCCAATCAAAGA 14 V_TAACC_B_M00331 TRANSFAC - 94750013 94750035 6.0E-06 GGGACACCAGCTCAACCAAAAAA 23 V_TCF3_05_M02920 TRANSFAC + 94749679 94749693 3.0E-06 GAAGGAAAAAAAAAA 15 V_TCF3_05_M02920 TRANSFAC + 94749680 94749694 0.0E+00 AAGGAAAAAAAAAAA 15 V_TCF3_05_M02920 TRANSFAC + 94749681 94749695 1.0E-06 AGGAAAAAAAAAAAA 15 V_OCT4_01_M01125 TRANSFAC - 94749650 94749664 7.0E-06 GATTCATATGTTAAT 15

Need help? Please contact cplaisier(at)systemsbiology.org if you have any questions, comments or concerns. Developed at the Institute for Systems Biology in the Baliga Lab.