Search TFs or Genes

Construction and Validation

Optimal Promoter Size

Download

Citation and Contact

FAM9A Entrez Description Chrom. Strand Promoter (Start - Stop) TSS 171482 family with sequence similarity 9, member A chrX - 8768878 - 8774424 8769378 Transcription Factor Binding Sites   Download all TFBS in the FAM9A promoter   Motif Source Strand Start Stop PValue Match Sequence Overlap w/ Footprints Uncx_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 8773252 8773259 4.0E-06 TTAATTAA 8 Uncx_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 8773252 8773259 4.0E-06 TTAATTAA 8 LMX1A_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 8773252 8773259 4.0E-06 TTAATTAA 8 LMX1A_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 8773252 8773259 4.0E-06 TTAATTAA 8 SOX10_HMG_full_dimeric_15_3 SELEX - 8771457 8771471 4.0E-06 ACTAATTTCGGTCAT 15 ISX_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 ISX_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 ALX3_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX + 8773251 8773260 0.0E+00 TTTAATTAAA 10 ALX3_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX - 8773251 8773260 0.0E+00 TTTAATTAAA 10 NR4A2_nuclearreceptor_full_monomeric_11_1 SELEX + 8773255 8773265 3.0E-06 ATTAAATGTCA 11 SRY_HMG_DBD_dimeric_13_2 SELEX + 8773257 8773269 4.0E-06 TAAATGTCATTCT 13 SRY_HMG_DBD_dimeric_13_2 SELEX - 8773257 8773269 2.0E-06 AGAATGACATTTA 13 PDX1_homeodomain_DBD_dimeric_18_1 SELEX + 8773252 8773269 5.0E-06 TTAATTAAATGTCATTCT 18 Shox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 Shox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 Alx1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 8773251 8773260 0.0E+00 TTTAATTAAA 10 Alx1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 8773251 8773260 0.0E+00 TTTAATTAAA 10 SOX7_HMG_full_dimeric_17_2 SELEX + 8773255 8773271 7.0E-06 ATTAAATGTCATTCTGT 17 NKX6-2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 NKX6-2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 PRRX2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 PRRX2_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 LMX1B_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 LMX1B_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 OTX2_homeodomain_DBD_dimeric_15_1 SELEX + 8773078 8773092 4.0E-06 TTTAATACTCTTAAA 15 HOXB5_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 8773251 8773260 6.0E-06 TTTAATTAAA 10 HOXB5_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 8773251 8773260 6.0E-06 TTTAATTAAA 10 SHOX_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 SHOX_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 PRRX1_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX + 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 PRRX1_homeodomain_full_monomeric_8_1 SELEX - 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 MIXL1_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX + 8773251 8773260 0.0E+00 TTTAATTAAA 10 MIXL1_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX - 8773251 8773260 0.0E+00 TTTAATTAAA 10 Vsx1_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 Vsx1_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 Lhx3_MA0135.1 JASPAR - 8773246 8773258 7.0E-06 TAATTAAACAGTC 13 Lhx3_MA0135.1 JASPAR + 8773249 8773261 8.0E-06 TGTTTAATTAAAT 13 SOX14_HMG_DBD_dimeric_15_1 SELEX - 8773256 8773270 7.0E-06 CAGAATGACATTTAA 15 GSX2_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 8773251 8773260 2.0E-06 TTTAATTAAA 10 GSX2_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 8773251 8773260 2.0E-06 TTTAATTAAA 10 GSX1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 8773251 8773260 6.0E-06 TTTAATTAAA 10 GSX1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 8773251 8773260 6.0E-06 TTTAATTAAA 10 RAXL1_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 RAXL1_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 MNX1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 8773251 8773260 3.0E-06 TTTAATTAAA 10 MNX1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 8773251 8773260 3.0E-06 TTTAATTAAA 10 Sox1_HMG_DBD_dimeric_15_2 SELEX + 8773256 8773270 5.0E-06 TTAAATGTCATTCTG 15 Sox1_HMG_DBD_dimeric_15_2 SELEX - 8773256 8773270 7.0E-06 CAGAATGACATTTAA 15 Lhx4_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 8773252 8773259 4.0E-06 TTAATTAA 8 Lhx4_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 8773252 8773259 4.0E-06 TTAATTAA 8 Meox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 Meox2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX - 8773252 8773259 9.0E-06 TTAATTAA 8 V_FOXP1_01_M00987 TRANSFAC + 8773345 8773364 8.0E-06 TTATGTGTTTAGCTGAGTAT 20 V_CDP_03_M01342 TRANSFAC + 8773247 8773263 6.0E-06 ACTGTTTAATTAAATGT 17 V_AP1_Q2_M00173 TRANSFAC - 8771465 8771475 6.0E-06 GGTGACTAATT 11 V_MSX3_01_M01341 TRANSFAC - 8773249 8773264 8.0E-06 GACATTTAATTAAACA 16 V_CART1_02_M01362 TRANSFAC - 8773247 8773263 2.0E-06 ACATTTAATTAAACAGT 17 V_HOXC4_01_M01369 TRANSFAC - 8773247 8773263 4.0E-06 ACATTTAATTAAACAGT 17 V_HOXC4_01_M01369 TRANSFAC + 8773248 8773264 4.0E-06 CTGTTTAATTAAATGTC 17 V_CUX1_03_M02958 TRANSFAC + 8773247 8773263 6.0E-06 ACTGTTTAATTAAATGT 17 V_NKX61_03_M01489 TRANSFAC + 8773247 8773263 6.0E-06 ACTGTTTAATTAAATGT 17 V_NKX61_03_M01489 TRANSFAC - 8773248 8773264 2.0E-06 GACATTTAATTAAACAG 17 V_TR4_Q2_M01725 TRANSFAC - 8771484 8771494 5.0E-06 CTTGACCTCTG 11 V_OCTAMER_02_M01477 TRANSFAC - 8773248 8773264 5.0E-06 GACATTTAATTAAACAG 17 V_LHX3_01_M01471 TRANSFAC - 8773247 8773263 3.0E-06 ACATTTAATTAAACAGT 17 V_LHX3_01_M01471 TRANSFAC + 8773248 8773264 7.0E-06 CTGTTTAATTAAATGTC 17 V_LHX3A_01_M00510 TRANSFAC + 8773250 8773259 6.0E-06 GTTTAATTAA 10 V_LHX3A_01_M00510 TRANSFAC - 8773252 8773261 0.0E+00 ATTTAATTAA 10 V_ALX4_02_M01417 TRANSFAC - 8773247 8773263 4.0E-06 ACATTTAATTAAACAGT 17 V_ALX4_02_M01417 TRANSFAC + 8773248 8773264 5.0E-06 CTGTTTAATTAAATGTC 17 V_PAX6_02_M01391 TRANSFAC + 8773249 8773264 1.0E-06 TGTTTAATTAAATGTC 16 V_PAX7_01_M01339 TRANSFAC - 8773247 8773263 4.0E-06 ACATTTAATTAAACAGT 17 V_CART1_03_M01453 TRANSFAC - 8773247 8773263 3.0E-06 ACATTTAATTAAACAGT 17 V_CART1_03_M01453 TRANSFAC + 8773248 8773264 3.0E-06 CTGTTTAATTAAATGTC 17 V_VSX1_01_M01335 TRANSFAC - 8773247 8773263 1.0E-06 ACATTTAATTAAACAGT 17 V_AP1_Q6_M00174 TRANSFAC - 8771465 8771475 6.0E-06 GGTGACTAATT 11 V_LMX1_01_M01409 TRANSFAC - 8773247 8773263 0.0E+00 ACATTTAATTAAACAGT 17 V_LMX1_01_M01409 TRANSFAC + 8773248 8773264 1.0E-06 CTGTTTAATTAAATGTC 17 V_AP1_Q4_M00188 TRANSFAC - 8771465 8771475 3.0E-06 GGTGACTAATT 11 V_PAX4_05_M01385 TRANSFAC - 8773247 8773263 2.0E-06 ACATTTAATTAAACAGT 17 V_UNCX4.1_01_M01458 TRANSFAC + 8773247 8773263 3.0E-06 ACTGTTTAATTAAATGT 17 V_UNCX4.1_01_M01458 TRANSFAC - 8773248 8773264 2.0E-06 GACATTTAATTAAACAG 17 V_ERR1_Q3_M01841 TRANSFAC - 8773254 8773268 9.0E-06 GAATGACATTTAATT 15 V_OTP_01_M01323 TRANSFAC + 8773247 8773263 7.0E-06 ACTGTTTAATTAAATGT 17 V_OTP_01_M01323 TRANSFAC - 8773248 8773264 6.0E-06 GACATTTAATTAAACAG 17 V_HB24_01_M01399 TRANSFAC - 8773251 8773265 8.0E-06 TGACATTTAATTAAA 15 V_ARID3A_04_M02735 TRANSFAC - 8773247 8773263 1.0E-06 ACATTTAATTAAACAGT 17 V_ARID3A_04_M02735 TRANSFAC + 8773248 8773264 0.0E+00 CTGTTTAATTAAATGTC 17 V_PROP1_02_M01320 TRANSFAC - 8773247 8773263 4.0E-06 ACATTTAATTAAACAGT 17 V_PROP1_02_M01320 TRANSFAC + 8773248 8773264 2.0E-06 CTGTTTAATTAAATGTC 17 V_SMAD4_Q6_M00733 TRANSFAC - 8771447 8771461 6.0E-06 GTCATGCAGACAGTC 15 V_ATF1_04_M02842 TRANSFAC - 8773255 8773268 8.0E-06 GAATGACATTTAAT 14 V_LHX3b_01_M01971 TRANSFAC + 8773250 8773259 7.0E-06 GTTTAATTAA 10 V_LHX3b_01_M01971 TRANSFAC - 8773252 8773261 1.0E-06 ATTTAATTAA 10 V_NKX63_01_M01470 TRANSFAC - 8773248 8773264 2.0E-06 GACATTTAATTAAACAG 17 V_LIM1_01_M01418 TRANSFAC - 8773247 8773263 1.0E-06 ACATTTAATTAAACAGT 17 V_LIM1_01_M01418 TRANSFAC + 8773248 8773264 7.0E-06 CTGTTTAATTAAATGTC 17 V_HOXB4_01_M01424 TRANSFAC + 8773248 8773264 3.0E-06 CTGTTTAATTAAATGTC 17 V_HOXA7_02_M01336 TRANSFAC - 8773247 8773263 6.0E-06 ACATTTAATTAAACAGT 17 V_HOXA7_02_M01336 TRANSFAC + 8773248 8773264 9.0E-06 CTGTTTAATTAAATGTC 17 V_SHOX2_01_M01415 TRANSFAC - 8773247 8773263 3.0E-06 ACATTTAATTAAACAGT 17 V_SHOX2_01_M01415 TRANSFAC + 8773248 8773264 0.0E+00 CTGTTTAATTAAATGTC 17 V_AP1FJ_Q2_M00172 TRANSFAC - 8771465 8771475 7.0E-06 GGTGACTAATT 11 V_ESRRA_04_M02852 TRANSFAC + 8771481 8771497 6.0E-06 CTCCAGAGGTCAAGACT 17 V_MSX1_02_M01412 TRANSFAC - 8773249 8773264 8.0E-06 GACATTTAATTAAACA 16 V_LMX1B_01_M01363 TRANSFAC + 8773247 8773263 1.0E-06 ACTGTTTAATTAAATGT 17 V_LMX1B_01_M01363 TRANSFAC - 8773248 8773264 1.0E-06 GACATTTAATTAAACAG 17 V_FOX_Q2_M00809 TRANSFAC + 8773343 8773355 2.0E-06 GATTATGTGTTTA 13 V_ALX4_03_M02944 TRANSFAC - 8773247 8773263 4.0E-06 ACATTTAATTAAACAGT 17 V_ALX4_03_M02944 TRANSFAC + 8773248 8773264 5.0E-06 CTGTTTAATTAAATGTC 17 V_PLZF_02_M01075 TRANSFAC + 8773245 8773273 8.0E-06 GGACTGTTTAATTAAATGTCATTCTGTTT 29 V_OCT1_06_M00162 TRANSFAC - 8773257 8773270 2.0E-06 CAGAATGACATTTA 14 V_HOXC5_01_M01454 TRANSFAC - 8773247 8773263 8.0E-06 ACATTTAATTAAACAGT 17 V_ESX1_01_M01474 TRANSFAC + 8773247 8773263 3.0E-06 ACTGTTTAATTAAATGT 17 V_LHX9_01_M01367 TRANSFAC - 8773247 8773263 2.0E-06 ACATTTAATTAAACAGT 17 V_SOX15_04_M02903 TRANSFAC + 8773256 8773270 3.0E-06 TTAAATGTCATTCTG 15 V_SOX15_04_M02903 TRANSFAC - 8773256 8773270 2.0E-06 CAGAATGACATTTAA 15 V_LHX5_01_M01353 TRANSFAC - 8773247 8773263 1.0E-06 ACATTTAATTAAACAGT 17 V_LHX5_01_M01353 TRANSFAC + 8773248 8773264 1.0E-06 CTGTTTAATTAAATGTC 17 V_HOXD10_01_M01375 TRANSFAC - 8773246 8773262 6.0E-06 CATTTAATTAAACAGTC 17

Need help? Please contact cplaisier(at)systemsbiology.org if you have any questions, comments or concerns. Developed at the Institute for Systems Biology in the Baliga Lab.