Search TFs
or Genes
Construction
and Validation
Optimal
Promoter Size
Download Citation and
Contact


EntrezDescriptionChrom.StrandPromoter
(Start - Stop)
TSS
100129924 uncharacterized LOC100129924 chr1 +43248660 - 43254160 43253660

Transcription Factor Binding Sites

 
Download all TFBS in the promoter
 
MotifSourceStrandStartStop PValueMatch
Sequence
Overlap w/
Footprints
VSX2_homeodomain_DBD_monomeric_8_1 SELEX + 43249587 43249594 5.0E-06 CTAATTAT 8
DLX1_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 43249586 43249595 4.0E-06 ACTAATTATT 10
TBX1_TBX_DBD_dimeric_23_1 SELEX - 43249533 43249555 3.0E-06 AGTCAGACCTAGGGTGTGTGAGA 23
HOXB5_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 43249586 43249595 9.0E-06 ACTAATTATT 10
HOXB5_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 43249586 43249595 5.0E-06 AATAATTAGT 10
POU4F3_POU_DBD_monomeric_16_1 SELEX - 43249583 43249598 9.0E-06 ATTAATAATTAGTGGA 16
POU4F3_POU_DBD_monomeric_16_1 SELEX + 43249586 43249601 3.0E-06 ACTAATTATTAATGGT 16
Hoxa2_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 43249586 43249595 8.0E-06 ACTAATTATT 10
HOXA5_MA0158.1 JASPAR + 43249585 43249592 7.0E-06 CACTAATT 8
HNF1A_homeodomain_full_dimeric_15_1 SELEX + 43249585 43249599 6.0E-06 CACTAATTATTAATG 15
HNF1A_homeodomain_full_dimeric_15_1 SELEX - 43249585 43249599 5.0E-06 CATTAATAATTAGTG 15
HOXD8_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 43249586 43249595 9.0E-06 AATAATTAGT 10
MAX_bHLH_DBD_dimer-of-dimers_17_1 SELEX + 43252024 43252040 3.0E-06 CACATGGTAAGCACAAG 17
MEOX2_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 43249586 43249595 9.0E-06 ACTAATTATT 10
LHX2_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX + 43249586 43249595 7.0E-06 ACTAATTATT 10
POU1F1_POU_DBD_monomeric_17_1 SELEX - 43249585 43249601 3.0E-06 ACCATTAATAATTAGTG 17
HNF1B_homeodomain_full_dimeric_13_1 SELEX + 43249586 43249598 3.0E-06 ACTAATTATTAAT 13
HNF1B_homeodomain_full_dimeric_13_1 SELEX - 43249586 43249598 3.0E-06 ATTAATAATTAGT 13
HOXB3_homeodomain_DBD_monomeric_10_1 SELEX - 43249586 43249595 9.0E-06 AATAATTAGT 10
MAX_MA0058.1 JASPAR + 43249454 43249463 7.0E-06 AAACACGTGG 10
TBX21_TBX_full_dimeric_19_1 SELEX + 43249535 43249553 1.0E-06 TCACACACCCTAGGTCTGA 19
TBX21_TBX_full_dimeric_19_1 SELEX - 43249535 43249553 7.0E-06 TCAGACCTAGGGTGTGTGA 19
HNF1B_homeodomain_full_dimeric_15_1 SELEX + 43249585 43249599 6.0E-06 CACTAATTATTAATG 15
HNF1B_homeodomain_full_dimeric_15_1 SELEX - 43249585 43249599 6.0E-06 CATTAATAATTAGTG 15
NFIA_NFI_full_monomeric_10_1 SELEX + 43252012 43252021 2.0E-06 AGTGCCAAGT 10
POU4F1_POU_DBD_monomeric_14_1 SELEX - 43249585 43249598 3.0E-06 ATTAATAATTAGTG 14
POU4F1_POU_DBD_monomeric_14_1 SELEX + 43249586 43249599 2.0E-06 ACTAATTATTAATG 14
LHX6_homeodomain_full_monomeric_10_1 SELEX - 43249586 43249595 9.0E-06 AATAATTAGT 10
V_DBX1_01_M01483 TRANSFAC - 43249588 43249604 8.0E-06 CACACCATTAATAATTA 17
V_EGR_Q6_M00807 TRANSFAC - 43251176 43251186 2.0E-06 GTGGGGGCGAG 11
V_GBX2_01_M01382 TRANSFAC - 43249582 43249598 9.0E-06 ATTAATAATTAGTGGAG 17
V_GBX2_01_M01382 TRANSFAC + 43249583 43249599 3.0E-06 TCCACTAATTATTAATG 17
V_HOXA4_01_M01370 TRANSFAC - 43249583 43249599 5.0E-06 CATTAATAATTAGTGGA 17
V_IRF3_05_M02767 TRANSFAC - 43251201 43251214 1.0E-06 AGAAAAGGAAACCG 14
V_OCTAMER_02_M01477 TRANSFAC - 43249583 43249599 3.0E-06 CATTAATAATTAGTGGA 17
V_AREB6_04_M00415 TRANSFAC - 43254378 43254386 8.0E-06 CTGTTTCTT 9
V_VAX2_01_M01327 TRANSFAC + 43249582 43249597 5.0E-06 CTCCACTAATTATTAA 16
V_EVX1_01_M01475 TRANSFAC - 43249582 43249598 2.0E-06 ATTAATAATTAGTGGAG 17
V_EVX1_01_M01475 TRANSFAC + 43249583 43249599 6.0E-06 TCCACTAATTATTAATG 17
V_BRN2_01_M00145 TRANSFAC - 43249586 43249601 6.0E-06 ACCATTAATAATTAGT 16
V_PAX6_02_M01391 TRANSFAC - 43249582 43249597 2.0E-06 TTAATAATTAGTGGAG 16
V_PAX7_01_M01339 TRANSFAC + 43249583 43249599 9.0E-06 TCCACTAATTATTAATG 17
V_VSX1_01_M01335 TRANSFAC + 43249583 43249599 7.0E-06 TCCACTAATTATTAATG 17
V_NKX62_Q2_M00489 TRANSFAC - 43249586 43249597 2.0E-06 TTAATAATTAGT 12
V_LHX8_01_M01440 TRANSFAC + 43249583 43249599 6.0E-06 TCCACTAATTATTAATG 17
V_LHX61_01_M01314 TRANSFAC - 43249583 43249599 6.0E-06 CATTAATAATTAGTGGA 17
V_ZNF219_01_M01122 TRANSFAC + 43251178 43251189 8.0E-06 CGCCCCCACCCC 12
V_EN1_02_M01365 TRANSFAC + 43249582 43249597 8.0E-06 CTCCACTAATTATTAA 16
V_DBX2_01_M01360 TRANSFAC + 43249582 43249597 3.0E-06 CTCCACTAATTATTAA 16
V_HIC1_06_M02867 TRANSFAC + 43251996 43252011 4.0E-06 GGCGGTGCCCAAACAG 16
V_KROX_Q6_M00982 TRANSFAC + 43251176 43251189 1.0E-06 CTCGCCCCCACCCC 14
V_OCT1_05_M00161 TRANSFAC + 43254419 43254432 9.0E-06 CTACTTACCATGTG 14
V_PMX2A_01_M01444 TRANSFAC + 43249582 43249597 2.0E-06 CTCCACTAATTATTAA 16
V_PMX2A_01_M01444 TRANSFAC - 43249584 43249599 2.0E-06 CATTAATAATTAGTGG 16
V_IRF_Q6_M00772 TRANSFAC + 43251199 43251213 5.0E-06 GCCGGTTTCCTTTTC 15
V_LHX2_01_M01325 TRANSFAC + 43249583 43249599 3.0E-06 TCCACTAATTATTAATG 17
V_GSH2_01_M01326 TRANSFAC - 43249582 43249597 7.0E-06 TTAATAATTAGTGGAG 16
V_ISRE_01_M00258 TRANSFAC + 43251201 43251215 3.0E-06 CGGTTTCCTTTTCTG 15
V_USF_02_M00122 TRANSFAC + 43254423 43254436 8.0E-06 TTACCATGTGACTT 14
V_USF_02_M00122 TRANSFAC - 43254423 43254436 8.0E-06 AAGTCACATGGTAA 14
V_HOXA5_03_M02271 TRANSFAC + 43249585 43249592 7.0E-06 CACTAATT 8
V_NCX_02_M01420 TRANSFAC - 43249588 43249604 4.0E-06 CACACCATTAATAATTA 17
V_EMX2_01_M01461 TRANSFAC - 43249582 43249598 1.0E-05 ATTAATAATTAGTGGAG 17
V_NKX63_01_M01470 TRANSFAC - 43249583 43249599 6.0E-06 CATTAATAATTAGTGGA 17
V_EN2_01_M01455 TRANSFAC - 43249582 43249598 8.0E-06 ATTAATAATTAGTGGAG 17
V_EN2_01_M01455 TRANSFAC + 43249583 43249599 7.0E-06 TCCACTAATTATTAATG 17
V_HOXB7_01_M01396 TRANSFAC - 43249582 43249597 2.0E-06 TTAATAATTAGTGGAG 16
V_HOXB7_01_M01396 TRANSFAC + 43249584 43249599 9.0E-06 CCACTAATTATTAATG 16
V_ISX_01_M01331 TRANSFAC - 43249583 43249598 7.0E-06 ATTAATAATTAGTGGA 16
V_TAL1_01_M01591 TRANSFAC + 43251149 43251161 9.0E-06 CCTGCTTTTCTCC 13
V_TAL1_01_M01591 TRANSFAC + 43251204 43251216 1.0E-06 TTTCCTTTTCTGC 13
V_HOXB8_01_M01451 TRANSFAC - 43249590 43249605 5.0E-06 ACACACCATTAATAAT 16
V_SMAD4_04_M02898 TRANSFAC + 43251074 43251090 1.0E-06 GCCGCCCCGCCACTCAG 17
V_MSX2_01_M01393 TRANSFAC + 43249582 43249598 3.0E-06 CTCCACTAATTATTAAT 17
V_NKX61_02_M01469 TRANSFAC + 43249589 43249604 4.0E-06 AATTATTAATGGTGTG 16
V_CDP_01_M00095 TRANSFAC + 43249584 43249595 8.0E-06 CCACTAATTATT 12
V_MSX1_02_M01412 TRANSFAC + 43249582 43249597 1.0E-06 CTCCACTAATTATTAA 16
V_NRSF_01_M00256 TRANSFAC + 43251129 43251149 3.0E-06 TGCAGCACCACTGCCACAGCC 21
V_BARX2_01_M01431 TRANSFAC - 43249582 43249597 1.0E-06 TTAATAATTAGTGGAG 16
V_SMAD_Q6_01_M00974 TRANSFAC - 43251254 43251264 9.0E-06 TTGTCAGACAC 11
V_LHX61_02_M01422 TRANSFAC + 43249583 43249599 8.0E-06 TCCACTAATTATTAATG 17
V_HOXC5_01_M01454 TRANSFAC + 43249583 43249599 4.0E-06 TCCACTAATTATTAATG 17
V_ESX1_01_M01474 TRANSFAC + 43249582 43249598 6.0E-06 CTCCACTAATTATTAAT 17
V_ESX1_01_M01474 TRANSFAC - 43249583 43249599 2.0E-06 CATTAATAATTAGTGGA 17
V_HB9_01_M01349 TRANSFAC - 43249582 43249597 0.0E+00 TTAATAATTAGTGGAG 16
V_HB9_01_M01349 TRANSFAC + 43249584 43249599 6.0E-06 CCACTAATTATTAATG 16
V_SATB1_01_M01232 TRANSFAC - 43249588 43249599 8.0E-06 CATTAATAATTA 12
V_HOXD8_01_M01432 TRANSFAC + 43249587 43249603 4.0E-06 CTAATTATTAATGGTGT 17
V_ALX3_01_M01355 TRANSFAC - 43249582 43249598 7.0E-06 ATTAATAATTAGTGGAG 17
V_NKX12_01_M01427 TRANSFAC + 43249582 43249598 4.0E-06 CTCCACTAATTATTAAT 17
V_NKX12_01_M01427 TRANSFAC - 43249583 43249599 7.0E-06 CATTAATAATTAGTGGA 17
V_LHX9_01_M01367 TRANSFAC + 43249583 43249599 2.0E-06 TCCACTAATTATTAATG 17
V_HOXA7_03_M01394 TRANSFAC - 43249582 43249597 2.0E-06 TTAATAATTAGTGGAG 16
V_S8_02_M01376 TRANSFAC - 43249582 43249598 6.0E-06 ATTAATAATTAGTGGAG 17
V_LHX4_01_M01421 TRANSFAC + 43249583 43249599 4.0E-06 TCCACTAATTATTAATG 17
V_ALX3_02_M02943 TRANSFAC - 43249582 43249598 7.0E-06 ATTAATAATTAGTGGAG 17
V_GBX1_01_M01371 TRANSFAC + 43249582 43249598 3.0E-06 CTCCACTAATTATTAAT 17
V_GBX1_01_M01371 TRANSFAC - 43249583 43249599 0.0E+00 CATTAATAATTAGTGGA 17
V_HOXA4_Q2_M00640 TRANSFAC - 43249587 43249594 5.0E-06 ATAATTAG 8
Need help? Please contact cplaisier(at)systemsbiology.org if you have any questions, comments or concerns.
Developed at the Institute for Systems Biology in the Baliga Lab.
A Django site.   Powered by PostgreSQL